Schaefer, star 84 godine, optužen je i za mučenje djece u enklavi Colonia Dignidad koju je utemeljio 1961., a izručen je Čileu nakon uhićenja u Argentini u ožujku 2005. godine. Iz Čilea je bio pobjegao u kolovozu 1996. nakon što su obitelji zlostavljane djece podnijele tužbu protiv njega.
Schaefera je srijedu osudio sud u Parralu, gradu u blizini njegove kolonije, u planinskoj regiji 350 kilometara južno od prijestolnice Santiaga.
Schaefer je također optužen za suradnju u kršenju ljudskih prava tijekom režima bivšeg čileanskog diktatora Augusta Pinocheta 1973. - 1990. godine.
Po sudskim dokumentima, agenti čileanske vojske Coloniu Dignidad koristili su za mučenje zatvorenika koji su kasnije proglašeni nestalima. No Schaefer te optužbe odbacuje.
U 13.000 hektara velikoj koloniji trenutno živi 300 Nijemaca i njihovih potomaka.