U Završnom dokumentu sudionici samita odlučili su potpisati protokol na Povelju o dobrosusjednim odnosima, stabilnosti, sigurnosti i suradnji u jugoistočnoj Europi te poduprli osnivanje Regionalnog vijeća za suradnju koje će se uspostaviti do veljače 2008. čime će se donatorima iz međunarodne zajednice dati nove operativne mogućnosti i institucija za nastavak djelovanja. Sjedište Vijeća bit će u Sarajevu, a za glavnog tajnika Vijeća imenovan je hrvatski diplomat Hido Biščević.
U Završnoj deklaraciji summita sudionici ponavljaju kako integracija u europske i euroatlantske institucije ostaje temeljni cilj svih zemalja regije. Zemlje regije također se obvezuju na jačanje uloge SEECP-a kao izvornog glasa regije ali i kao važnog čimbenika unutar područja jugoistočne Europe i u ime regije prema svijetu. U zagrebačkoj deklaraciji naglašava se kako je od posljednjeg samita SEECP-a održanog u svibnju 2006. u Solunu ostvaren značajan napredak u stabilizaciji regije, jačanju međusobne suradnje i dijaloga te napretka prema budućem članstvu zemalja članica u EU i NATO-u.
Potvrđuje se nedvosmislena odanost vrijednostima demokracije, razvitku međusobnih odnosa između zemalja članica Procesa, sudjelovanju u globalnoj borbi protiv terorizma, zaštiti ljudskih i manjinskih prava te prava na povratak izbjeglica, jačanju međusobne gospodarske suradnje uključujući i suradnju u novoj CEFTA-i, suradnji u energetskom i sektoru prijevoza koji je označen kamenom temeljcem za razvoj regionalne infrastrukture, zaštiti prirode te izgradnji informatičkog društva. Predsjednici država ili vlada u devetoj točki Deklaracije posebno izražavaju nadu da će "na sljedećem samitu NATO-a u Bukureštu 2008. taj savez uputiti pozivnice onim zemljama koje ispunjavaju kriterije i standarde NATO-a".
U Deklaraciji se pozdravlja činjenica da je Crna Gora primljena u punopravno članstvo SEECP-a te da su dvije zemlje članice SEECP-a (Rumunjska i Bugarska) nedavno postale članicama Europske unije, naglašava se važnost jačanja europske politike dobrosusjedstva kao instrumenta koji pomaže napretku stabilnosti i sigurnosti pojedinih zemalja.
"Uvjereni smo da će otvoreni EU obogatiti svoju političku, gospodarsku i kulturnu raznovrsnost i nastaviti pomagati u stabilizaciji regije. Pozvali smo EU da nastavi raspravu o Europskom ustavu i osobito o reformi svojih institucija kako bi bio kadar nastaviti s vlastitim jačanjem i proširenjem kao što ćemo i mi i nadalje biti predani ispunjenju naših individualnih obveza i ispunjenju postavljenih zahtjeva", kaže se u zagrebačkoj Deklaraciji.
Glede Kosova naglašava se nužnost da se dijalogom, odgovornošću i kohezijom postigne uravnoteženo, odmjereno i održivo rješenje koje će poštovati načela međunarodnog prava.
Sudionici zagrebačkog samita također su odali priznanje dinamici koju je pokazala Hrvatska tijekom jednogodišnjeg predsjedanja SEECP-om, uspješno obavivši zadaću vođenja regije u postupak pretvorbe Pakta o stabilnosti za jugoistočnu Europu u Regionalno vijeće za suradnju i jačanje SEECP-a.