Svrha je Drugog kongresa hrvatskih znanstvenika (www.kongres-znanstvenika.hr) izradba temeljnih smjernica, uputa i konkretnih akcijskih planova razvoja Hrvatske koja će do 2010. postati društvo utemeljeno na znanju.
Drugi kongres zamišljen je kao nastavak povezivanja i umrežavanja hrvatskih znanstvenika iz domovine i inozemstva, započetih na Prvom kongresu održanom od 15. do 19. studenoga 2004. u Zagrebu i Vukovaru, te njihova učinkovitijeg uključivanja u izgradnju Hrvatske.
Zadaća je kongresa postavljanje osnova za ugradnju znanja i istraživanja u sustavni okvir znanstvenog, gospodarskog, kulturnog i političkog razvoja Republike Hrvatske. U radu Drugog kongresa mladi će znanstvenici moći ravnopravno sudjelovati u plenarnim i sekcijskim izlaganjima i raspravama te će na taj način moći dati svoj doprinos razvoju znanosti.
Kongres će u plenarnim izlaganjima i posebnim tematskim sekcijama obraditi tematske cjeline kao što su europski i međunarodni projekti, suradnja s gospodarstvom i tehnologijski projekti, razvoj znanstvenih institucija, strateški okvir razvoja znanosti do 2010. te privlačenje pozornosti medija na znanstvene teme i istraživanja.
Svaka od tematskih cjelina razvit će po jedan strateški dokument, a rad na dokumentima započinje objavom internetskih stranica kongresa.
Izradba dokumenata teći će "online" suradnjom putem internetskih stranica kongresa, te uz koordinaciju voditelja tematskih cjelina, petero odabranih hrvatskih znanstvenika i stručnjaka.