"Sada je došao trenutak da gospodin Martić odgovara za zločine koje je počinio", kazao je u završnim riječima pred Haškim sudom tužitelj Alex Whiting objašnjavajući da traži najvišu moguću kaznu zbog toga što se radi o posebno teškim djelima koja su počinjena u dugom vremenskom periodu.
Martića, bivšeg ministra unutarnjih poslova i predsjednika tzv. Republike Srpske Krajine tereti se u 19 točaka optužnice za zločine protiv čovječnosti i kršenja zakona i običaja ratovanja. Martić je po optužnici, od kolovoza 1991. do kolovoza 1995. godine, kao sudionik udruženog zločinačkog pothvata planirao, zapovijedio i poticao progone, istrebljenje, ubojstva, zatvaranja, mučenja, deportacije, bezobzirna razaranja i pljačku na području Hrvatske i Bosne i Hercegovine. Cilj pothvata, koji je vodio bivši jugoslavenski predsjednik Slobodan Milošević, bio je, prema optužnici, da se "nasilno i trajno" ukloni nesrpsko stanovništvo s dijelova hrvatskog teritorija.
Martića se tereti za granatiranje Zagreba u svibnju 1995. godine te za niz drugih zločina počinjenih nad hrvatskim civilima u selima od Saborskog do Škabrnje u kojima su ubijene stotine ljudi, uglavnom staraca i žena.
Haško suđenje Martiću započelo je prije godinu dana, 13. prosinca 2005., i tijekom postupka tužitelji i obrana izveli su stotinjak svjedoka, među njima i premijera tzv. RSK Milana Babića koji je nekoliko dana nakon početka svjedočenja u korist tužiteljstva počinio samoubojstvo u pritvorskoj jedinici Haškog suda. Žalbeno vijeće uvelo je transkript njegova nezavršenog svjedočenja kao dokaz. Babić je kao najznačajniji "unutarnji" svjedok, optužen za sudjelovanje u istom zločinačkom pothvatu, svjedočio da je Milošević svoju namjeru da stvori Jugoslaviju koja okuplja sve Srbe ostvarivao preko ključnih suradnika, među kojima i Milana Martića.
Haško je tužiteljstvo, dokazujući Martićevu odgovornost, izvelo niz svjedoka žrtava - ranjenih u raketiranju Zagreba i zatočenika kninskih zatvora. Drugi svjedoci govorili su o Martićevoj ulozi u zločinima te o vezama Beograda i Knina.
Bivši američki veleposlanik u Hrvatskoj Peter Galbraith, koji je svjedočio proteklog travnja, opisao je kako mu je na sastanku u 1994. Martić najavio da će u slučaju zaoštravanja situacije raketirati Zagreb, te da će ga unaprijed obavijestiti da se skloni. "Rekao sam mu da ne mogu napustiti veleposlanstvo i otići iz Zagreba i da bi napad raketama bio zločin, jer je jasno prijetio da će napasti Zagreb ako se situacija pogorša", rekao je tada Galbraith, ocijenivši granatiranje Zagreba "neselektivnim, terorističkim napadom bez vojnog cilja u kojem su pogođeni dječja bolnica, HNK i škola".
Tužitelji su kao dokaz uveli i riječi koje je na Martićev račun izrekao Milošević, koji ga je, prema snimkama uhvaćenih telefonskih razgovora, optužio u svibnju 1995. za izazivanje incidenata i samovoljno granatiranje Zagreba. Milošević ga je tada optužio da radi "stvari koje ni Hitler nije radio" i da se "ponosi onim čega se pametni srame." Milošević je kasnije u Haagu povukao svoje ocjene tvrdeći da ih je dao pod utjecajem hrvatskog tumačenja događaja.
Tužiteljstvo je dovelo i zaštićenog svjedoka MM-003 koji je čuo Martića kako kaže da treba tući Zagreb "Orkanima". Treba ciljati Ilicu i Jelačićev trg, jer Hrvati ne biraju ciljeve, prenio je njegove riječi zaštićeni svjedok optužbe, koji je tijekom rata bio Martićev radio-vezist. Tužitelji su kao dokaz uveli i Martićeve izjave u javnosti u kojima se tijekom 1995. i 1996. godine hvalio da je osobno zapovijedio granatiranje Zagreba.
Obrana je, pak, svoje glavne teze da su se hrvatski Srbi samo branili od hrvatske politike, a hrvatske žrtve bile tek usputna posljedica oružanih sukoba, dokazivala nizom svjedoka među kojima je bilo više članova bivše martićeve "vlade", ali i osobe koje su u Hrvatskoj pravomoćno osuđene za ratne zločine. Tako se kao svjedok obrane pojavila Nada Drmanić koja je u Hrvatskoj osuđena u odsustnosti na 20 godina zatvora zbog zločina u Škabrnji.
Martićevi svjedoci objašnjavali su kako su Hrvati odlazili iz tzv. srpske krajine jer je teško bilo biti manjina, a ne zbog pritisaka Martićevih snaga.
Svjedoci su bez pravih objašnjenja ostajali tijekom protuispitivanja kada su tužitelji od njih tražili da objasne otkud slučajnim žrtvama sukoba rane na glavi od metaka ispaljenih iz neposredne blizine ili zatočeništvo staraca u kninskim zatvorima za zarobljene vojnike.
Iako je najavljivao, Martić je odustao od svjedočenja u svoju obranu.
U pritvoru je od 15. svibnja 2002.