Rođen je u afrikanerskoj konzervativnoj obitelji, a otac mu je bio Jozua Franchoise Naude svećenik Reformirane holandske crkve i osnivač Lige braće, tajnog društva kojem je zadatak bio braniti bjelačku manjinu i koje je poslužilo kao tajni arhitekt apartheida u sjeni Nacionalne stranke. Beyers također postaje svećenik reformirane holandske crkve, ali nakon 1960. godine, kada je u krvi ugušen miroljubivi prosvjed protiv zakona kojima su uvedena ograničenja za kretanje "ne-bijelaca" u Sharpevilleu, postaje aktivni borac protiv segregacionističkog režima.
Naude, poznatiji pod nadimkom "Ujak Bey", bio je i član izaslanstva Nacionalnog afričkog kongresa na razgovorima s bjelačkom vlasti nakon oslobođenja Nelsona Mandele 1990. godine koji su doveli do prvih višerasnih izbora 1994. godine.
U povodu proslave njegova 80. rođendana u svibnju 1995. Nelson Mandela, tadašnji južnoafrički predsjednik, odao mu je počast nazvavši ga "svjetionikom" za sve Južnoafrikance.
"Beyersa Naudea odbacili su Afrikaneri, brojni bijelci i crkva koju je toliko volio. To je cijena koju plaćaju proroci", kazao je tada Mandela
Na vijest o njegovoj smrti Desmond Tutu, još jedan slavni borac protiv apartheida, pozdravio je "čovjeka koji je vidio svjetlo" i koji je "pomogao crncima da ne mrze bijelce".