Nakon toga došao je u Hrvatsku vojsku gdje je bio prvi zapovjednik pilota.
Rudi i njegov "mig 21" srušeni su u vojno-redarstvenoj akciji "Bljesak" 2. svibnja 1995. , a on je bio zarobljen nakon katapultiranja. Njegove posmrtne ostatke srpska je strana izručila u kolovozu 1997. a pokopan je u rujnu iste godine na zagrebačkom groblju Mirogoj.
U spomen Parku na Trgu svetog Jurja postavljen je zrakoplov "mig 21" i Perešinova bista a otvorio ga je izaslanik Vlade i ministar obrane Berislav Rončević koji je zajedno sa Perešinovom suprugom Ljerkom i kćeri Daliborkom u njemu zapalio svijeću.
Podsjećajući na herojski Perešinov let zrakoplovom iz bivše JNA, ministar Rončević istaknuo je da je to bio veliki podstrek hrvatskim braniteljima da se još odlučnije suprotstave agresiji neprijateljske, tehnički superiornije JNA. Nakon toga i međunarodnoj zajednici postalo je jasnije što se u Hrvatskoj događa kada je Perešin poručio da je to učinio jer nije želio pucati na svoj narod, rekao je ministar.
Kao zapovjednik eskadrile HRZ Perešin je sudjelovao u svim oslobodilačkim akcijama do tragičnog pada zrakoplovom u vojno-redarstvenoj akciji "Bljesak" 1995. godine.
Svojim podvigom Perešin je ostavio neizbrisiv trag u hrvatskoj povijesti, a "mig 21" koji je darovalo Ministarstvo obrane kako bi bio postavljen u njegovom Spomen-parku doprinos je da se to nikada ne zaboravi, naglasio je Rončević.
Napomenuo je da su sa Republikom Austrijom u tijeku pregovori kako bi se zrakoplov kojim je Perešin preletio u Klagenfurt vratio u Hrvatsku. U međuvremenu vraćena je Perešinova pilotska oprema koju je ministar Rončević predao obitelji Perešin na čuvanje a bit će, kada se otvori, izložena u Hrvatskom vojnom muzeju. Također je predviđeno i osnivanje Perešinove spomen-sobe.
Otvorenje Spomen-parka Rudolfu Perešinu, rođenom 25. ožujka 1958 u Jakšincu, kraj Gornje Stubice, održano je pod pokroviteljstvom Ministarstva obrane, a organizirali su ga gornjostubička općina, zagrebački Zrakoplovno-tehnički savez "Rudolf Perešin", Udruga "Susreti za Rudija Perešinija" i HRZ. Nazočni su mu bili izaslanstva Glavnog stožera Oružanih snaga RH, Hrvatskog ratnog zrakoplovstva i protuzračne obrane, čelnici Krapinsko-zagorske županije i općine Gornja Stubica, grada Zagreba, saborski zastupnici i drugi.
U počast Rudiju Perešinu "migom 21" prelete iznad Gornje Stubice izveo je pukovnik HRZ-a Ivica Ivandić.
U Gornjoj Stubici danas se održava manifestacija "Susreti za Rudija" i bogat sportsko-kulturno-zabavni program do kasnih večernjih sati.