Izrael je Hrvatsku priznao u siječnju 1992., a službeni su diplomatski odnosi uspostavljeni 1997., kad je otvoreno i hrvatsko veleposlanstvo u Tel Avivu. No, međusobni su odnosi bili daleko od idealnih sve dok je na vlasti bio prvi hrvatski predsjednik Franjo Tuđman.
Posjeti su bili iznimno rijetki, a prvi je bio onaj tadašnjeg potpredsjednika Vlade i ministra vanjskih poslova Mate Granića, koji je u Izrael otputovao na poziv premijera Benjamina Netanyahua.
Izraelska je strana, zbog dijelova Tuđmanove knjige "Bespuća povijesne zbiljnosti", ali i nekih odrednica tadašnje hrvatske politike, odbijala svaku ozbiljniju suradnju sa Zagrebom, a njezini dužnosnici, poput ministra pravosuđa Yossyja Beilina godine 2000. tvrdili su kako je Tuđman "pokušao zanijekati holokaust".
Prvi znak zatopljavanja odnosa nakon Tuđmanove smrti i uspostave nove vlasti u Zagrebu u siječnju 2000. bila je odluka Tel Aviva da na inauguraciju predsjednika Stjepana Mesića pošalje zamjenika ministra vanjskih poslova, dotad najvišega izraelskog dužnosnika koji je posjetio Hrvatsku.
U siječnju 2001. dvije su države potpisale sporazum o ukidanju viza, koji se, nakon ratifikacije u parlamentima, počeo primjenjivati početkom listopada iste godine.
Krajem tog mjeseca ostvario se prvi državni posjet između dviju zemalja, koji je označio i potpunu prekretnicu u odnosima. Od 30. listopada do 1. studenoga u Jeruzalemu je boravio hrvatski predsjednik Stjepan Mesić koji se, osim što je razgovarao s najvišim izraelskim dužnosnicima, u Knessetu pred zastupnicima ispričao zbog zločina počinjenih nad hrvatskim židovima u doba NDH.
"Kao predsjednik Republike Hrvatske izražavam duboko i iskreno žaljenje zbog zločina nad židovima počinjenim u Drugom svjetskom ratu na području kvislinške tvorevine koja se zvala Nezavisna Država Hrvatska, a koja nije bila ni nezavisna ni hrvatska", rekao je tada Mesić u parlamentu.
Od tog se dana odnosi Tel Aviva i Zagreba mogu nazvati prijateljskima, čemu svjedoče i mnogi posjeti na ministarskoj razini, a osobito se ističe uzvratni posjet Hrvatskoj izraelskog predsjednika Moshe Katsava od 11. do 13. srpnja 2003. To je bio prvi posjet predsjednika Države Izraela samostalnoj Hrvatskoj.
U ožujku 2004. u Izraelu su bila trojica hrvatskih ministara - Miomir Žužul, Dragan Primorac i Petar Čobanković - a za razgovora s tadašnjim hrvatskim ministrom vanjskih poslova izraelski premijer Ariel Sharon službeno je pozvao u posjet predsjednika hrvatske Vlade, što je Sanader prihvatio.
Ove je godine u Izraelu u veljači boravio ministar Primorac na čelu izaslanstva u kojem su bili ugledni hrvatski znanstvenici, a od 15. do 17. ožujka predsjednik Mesić bio je na otvorenju novog muzeja "Yad Vashem" u Jeruzalemu, koji će sada posjetiti Sanader. Hrvatski predsjednik sastao se tada s izraelskim predsjednikom Katsavom, a posjetio je i Ramallah, gdje je razgovarao s predsjednikom palestinske Vlade Ahmedom Koreijem.
Hrvatska je s Izraelom dosad potpisala sedam ugovora (o suradnji u turizmu, o ukidanju viza za nositelje diplomatskih i službenih putovnica, o zračnom prometu, o uzajamnom poticanju i zaštiti ulaganja, o trgovini i gospodarskoj suradnji, o ukidanju viza za nositelje službenih i običnih nacionalnih putovnica, o suradnji u kulturi, prosvjeti i znanosti).
Neki su ugovori u pripremi, poput onoga o izbjegavanju dvostrukog oporezivanja i ugovora o suradnji u borbi protiv nedopuštene trgovine i zloporabe opojnih droga, psihotropnih tvari i drugih teških kažnjivih djela. Prema dobro obaviještenim izvorima, moguće je da neki od njih bude spreman za potpisivanje tijekom posjeta hrvatskog premijera.
Prvog veleposlanika za Hrvatsku židovska je država imenovala još 1998., ali je on bio zadužen za još nekoliko zemalja, a sjedište mu je bilo u Beču. No, to bi se uskoro trebalo promijeniti jer bi, nakon više od dvije godine iščekivanja, do kraja 2005. Izrael trebao otvoriti veleposlanstvo u Hrvatskoj.
Budući da Izrael veleposlanstva ima većinom u državama koje su mu važne, bilo zbog velike židovske zajednice, gospodarske suradnje ili drugih razloga, odluka o otvaranju veleposlanstva u Hrvatskoj također je potvrda vrlo dobrih političkih odnosa s Hrvatskom.
No, njih ni izdaleka ne prate gospodarski odnosi. Naime, trgovina između dviju zemalja godine 2003. bila je vrijedna samo 15,4 milijuna dolara, iako je Izrael u druge zemlje u tranziciji uložio nekoliko milijuna dolara.
Zato se međusobni posjeti sve više usredotočuju na poboljšanje gospodarskih veza, pa će i tijekom posjeta premijera Sanadera o toj temi biti dosta govora, a član hrvatskog izaslanstva, potpredsjednik Vlade Damir Polančec odvojeno će se sastati sa skupinom istaknutih izraelskih gospodarstvenika.