Pavković je tijekom dana doputovao iz Beograda u Rotterdam gdje se predao nizozemskim vlastima i predstavnicima ICTY-a, a prije prebacivanja u pritvor pregledan je u bolnici u Rotterdamu.
U optužnici, podignutoj 2. listopada 2003. tereti ga se u pet točaka za progon, ubojstva, deportacije i prisilno preseljenje albanskih civila na Kosovu 1999., kao zločine protiv čovječnosti i kršenje ratnog prava i običaja.
Pavković, koji je 1999. bio zapovjednik Treće armije VJ, optužen je zajedno s generalom VJ Vladimirom Lazarevićem i policijskim generalima Sretenom Lukićem i Vlastimirom Đorđevićem, od kojih se jedino još Đorđević nije predao ICTY-u.
Tereti ih se po osobnoj i zapovjednoj odgovornosti za ubojstava stotina albanskih civila, silovanja, uništavanje albanskih naselja i vjerskih objekata, progon i deportacije više od 800 tisuća Albanaca, tijekom srpske intervencije na Kosovu od siječnja do lipnja 1999. koja je zaustavljena bombardiranjem NATO-a.
Optužnica ih tereti za sudjelovanje u udruženom zločinačkom pothvatu zajedno s tadašnjim predsjednikom SRJ Slobodanom Miloševićem, predsjednikom Srbije Milanom Milutinovićem, te ministrima Nikolom Šainovićem i Dragoljubom Ojdanićem, s ciljem istjerivanja znatnog dijela albanskog stanovništva s Kosova kako bi se osigurala trajna srpska kontrola nad pokrajinom.
Tužiteljstvo je najavilo prijedlog za spajanje postupka protiv četvorice generala s onim protiv Milutinovića, Šainovića i Ojdanića, koji su od nedavno na privremenoj slobodi.
Nakon što su srbijanske vlasti osigurale predaju Haškom sudu i Nebojše Pavkovića, koji je dugo izjavljivao da može u Haag samo mrtav, u bijegu je ostalo još 10 optuženika.
Izručenje devetorice bjegunaca, uključujući Radovana Karadžića i Ratka Mladića, ICTY traži od Srbije i Republike Srpske, a izručenje generala Ante Gotovine od Hrvatske.