Najveća pogrebna svečanost za ijednog od dosadašnja 263 nasljednika sv. Petra okupila je oko dva milijuna ljudi u Rimu, među kojima i dvjestotinjak svjetskih dostojanstvenika i dužnosnika te oko tri milijarde ljudi pred TV ekranima diljem svijeta.
Nakon mise, koja je trajala oko dva i pol sata, jednostavan lijes od čempresova drveta s urezanim slovom M koje simbolizira Djevicu Mariju odnesen je s crvenog tepiha ispred oltara i unesen kroz glavna vrata bazilike, da bi poslije ponovno bio iznesen kroz vrata svete Marte, na ramenima nosača Papinske stolice, do kripte. Tu je održana polusatna ceremonija te je najprije čempresov lijes stavljen u pocinčani, a taj zatim u lijes od orahovine. Drveni lijes bio je prije toga povezan crvenim vrpcama i zapečaćen Papinim i vatikanskim pečatima. Isto tako je zapečaćen i onaj od orahova drva.
U prisutnosti kardinala kamerlenga Eduarda Martineza Somala, lijes je položen u zemlju u kripti na mjestu na kojem je prethodno počivao Ivan XXIII., čiji su ostaci nakon beatifikacije 2000. prebačeni u baziliku. Grob Ivana Pavla II. nalazi se u neposrednoj blizini prvoga pape, svetog Petra, i dvojice njegovih prethodnika, Pavla VI. i Ivana Pavla I.
Trg svetog Petra svim je hodočasnicima, koji su izravno željeli nazočiti pogrebu, otvoren u 7 sati ujutro, a tijelo Ivana Pavla II položeno je u lijes od čempresa pola sata nakon toga. Potom je lijes zapečaćen u nazočnosti kardinala Somala, bivšeg državnog tajnika Vatikana Angela Sodana, dekana Kardinalskog zbora Josepha Ratzingera, rimskog vikara kardinala Camilla Ruinija i privatnog papina tajnika monsinjora Stanislawa Dziwisza. Prije toga su Papino lice bijelim svilenim velom prekrili Dziwisz i nadbiskup Piero Marini.
Uz Papu je u lijes postavljena i olovna tuba s njegovom biografijom i komemorativnim medaljama koje je dobio za vrijeme svojeg pontifikata.
Svečanost pogreba počela je u 10 sati misom u bazilici sv. Petra, prije koje su se na svim rimskim crkvama oglasila zvona, a posljednji ispraćaj Svetog Oca okupio je 15 kraljeva, kraljica, prinčeva ili velikih vojvoda, 44 predsjednika, 25 premijera i oko 120 drugih političkih te vjerskih velikodostojnika nekršćana.
Hrvatsku su predstavljali predsjednik Stjepan Mesić i premijer Ivo Sanader, a prvi put u povijesti pogrebu jednog pape nazočio je i jedan američki predsjednik, George Bush, s dvojicom bivših predsjednika, svojim ocem Georgeom Bushom i Billom Clintonom.
Na početku svečane mise dirljivu je homiliju održao dekan Kardinalskog zbora Joseph Ratzinger, podsjetivši na sva razdoblja života Ivana Pavla II. Inače nesklon iskazivanju emocija, njemačkom je kardinalu nekoliko puta gotovo zatajio glas, osobito kad ga je nekoliko stotina tisuća vjernika na Trgu svetog Petra višekratno prekidalo poklicima da se Ivana Pavla II. treba smjesta proglasiti svecem.
Trg svetog Petra i Via della Conciliazione, ulica koja vodi prema trgu, bili su more crveno-bijelih poljskih zastava, jer se od svojeg sunarodnjaka došlo oprostiti čak milijun Poljaka, ali su se u masi isticale i druge zastave, među kojima su vrlo vidljive bile hrvatske.
"Papa nas gleda i blagoslivlja", rekao je Ratzinger tijekom homilije i podsjetio kako je Papa posljednji put htio udijeliti blagoslov Urbi et orbi, premda je bio jako bolestan, sa svojeg prozora na Trgu sv. Petra.
Sada "možemo biti sigurni da nas naš ljubljeni Papa gleda s prozora Očeve kuće, vidi nas i blagoslivlje nas", rekao je Ratzinger i posebno naglasio ljubav koju je Ivan Pavao II. osjećao prema mladima, koje je smatrao ponosom Crkve. Istaknuvši da je Sveti Otac ostao svećenik do kraja, Ratzinger je spomenuo pretposljednju knjigu Ivana Pavla II. "Ustanite, idemo!" kojom je probudio "umornu vjeru i kazao nam, svima i danas, da trebamo hodati u vjeri".