Rođen je 1928. u Petrinji, a 1955. diplomirao je na Akademiji primijenjene umjetnosti u Zagrebu u klasi Ernesta Tomaševića. Od 1985. Pejaković je bio profesor na Akademiji likovnih umjetnosti.
Mladen Pejaković bio je stvaralac suvremenog likovnog izraza na više područja likovne umjetnosti, kazališnoj i filmskoj scenografiji, animaciji te likovnoj teoriji i kritici.
Od kazališne scenografije izdvaja se scenografija za operu San ljetne noći Benjamina Brittena 1962., Novi stanari Milka Kelemena za Operu HNK u Zagrebu i druge.
Mladen Pejaković pisao je studije iz suvremene i starije hrvatske likovne umjetnosti, analitički je obradio predromaničke spomenike u Dalmaciji, osobito crkvu Svetog Križa u Ninu.
Postavio je stalne muzejske zbirke Muzeja za umjetnost i obrt u Zagrebu 1960. te Arheološkog muzeja u Zadru 1975., te brojne izložbe u zemlji i inozemstvu, među kojima Svjetlo i prostor u starohrvatskom graditeljstvu 1978., veliku izložbu o Ivanu Meštroviću 1983., Pisanu riječ na tlu Hrvatske 1987., 1000 godina hrvatske skulpture 1991., nekoliko izložaba Zagrebačkog salona i veliki broj izložaba u Galeriji Klovićevi dvori.