Umirovljeni general Vasiljević, koji je u proširenoj haškoj optužnici protiv Slobodana Miloševića označen kao sudionik u "zajedničkom zločinačkom pothvatu", svjedočio je u haškom postupku protiv Miloševića u veljači 2003. godine. Za zločin na Ovčari optužio je tada paravojnu postrojbu "Leva Supoderica", koju je osnovala Srpska radikalna stranka Vojislava Šešelja, a čiji su zapovjednik Milan Lančužanin i pripadnici te postrojbe, uz pripadnika Teritorijalne obrane Vukovara, optuženi u postupku pred Specijalnim sudom u Beogradu.
"Ta postrojba je sudjelovala u likvidaciji na Ovčari, kasnije sam saznao. Uvijek su ih označavali kao Šešeljevu postrojbu, radikale, četnike", kazao je Vasiljević pred Međunarodnim kaznenim sudom u Den Haagu, te je precizirao da je o zločinu na Ovčari prvi put čuo u siječnju 1993. godine od kapetana JNA Zjaje Murisa, koji je u vrijeme opsade Vukovara bio zapovjednik specijalne postrojbe vojne policije u Gardijskoj brigadi JNA.
Vasiljević je također izjavio da je 1998. godine pitao, tada također već umirovljenog generala Milu Mrkšića što se dogodilo na Ovčari. "Mrkšić mi je doslovno odgovorio: 'Aco, djece mi moje, da smo znali što će im učiniti, nikad ih ne bismo predali'. Ja sam ga tad pitao zašto, nakon što su saznali, nisu obavijestili pretpostavljene, a on mi je rekao: 'Kad smo vidjeli što su im učinili, mi smo se zakleli da ćemo šutjeti'", naveo je Vasiljević.
Za ubojstvo najmanje 192 ratna zarobljenika na Ovčari optuženo je 17 pripadnika bivše Teritorijalne obrane Vukovara i pripadnika paravojne jedinice "Leva Supoderica".
Prema optužnici, podignutoj 4. prosinca 2003. godine, zapovjednik Teritorijalne obrane Vukovara Miroljub Vujović i njegov zamjenik Stanko Vujanović organizirali su i naredili ubojstvo i mučenje 192 ratna zarobljenika iz vukovarske bolnice. U ubijanju ratnih zarobljenika, prema optužnici, sudjelovali su pripadnici TO, optuženi Jovica Perić, Ivan Atanasijević, Milan Vojnović, Predrag Madžarac i više neidentificiranih pripadnika Teritorijalne obrane. Na osnovi dodatne optužnice, dotad optuženima na optuženičkoj klupi pridružili su se i zapovjednik "Leve Supoderice" Milan Lančužanin, Marko Ljuboja, Predrag Milojević, Vujo Zlatar, Goran Mugoša, Đorđe Šošić, Miroslav Đanković, Slobodan Katić, Nada Kalaba, Milan Bulić i Predrag Dragović.
Svi optuženi u svojim su obranama zanijekali da su počinili zločin, a prvooptuženi Vujović optužio je generala Vasiljevića da stoji iza zločina na Ovčari. "Aleksandar Vasiljević štiti sebe. On je to učinio. Selekciju zarobljenika na Ovčari vršila je Uprava sigurnosti JNA kojom je Vasiljević zapovijedao", izjavio je prvooptuženi Vujović u svojoj obrani na početku suđenja, u ožujku prošle godine.