Prema riječima ravnatelja dr. Borisa Antunovića, pet članova Savjetodavnog vijeća imenovano je iz ministarstava i to Ministarstva poljoprivrede, šumarstva i vodnoga gospodarstva, Ministarstva zdravstva i socijalne skrbi i Ministarstva kulture, a osam ih je izabrano javnim natječajem.
Među osam izabranih članova Savjetodavnog vijeća predstavnici su ustanova, udruga potrošača, komora i udruženja, te Hrvatskog zavoda za javno zdravstvo.
Ravnatelj Hrvatske agencije za hranu dr. Antunović istaknuo je kako su stvoreni uvjeti za početak rada agencije, koja će se baviti kvalitetom prehrambenih proizvoda "od polja do stola".
Njezina je važnost u sklopu prilagodbe Hrvatske ulasku u EU, a posebno se odnosi na identifikaciju rizika i sustav brzog uzbunjivanja, rekao je Antunović. Dodao je kako je pritom nužno povezivanje s međunarodnim asocijacijama, ali i koordiniranje svih tijela u državi koja se bave kvalitetom hrane,
Hrvatska agencija za hranu za svoj rad izravno odgovara Vladi. Upravno vijeće ima sedam članova, a predsjednik je Dragan Kovačević, državni tajnik Ministarstva poljoprivrede, šumarstva i vodnog gospodarstva.
Uz Savjetodavno vijeće Hrvatska agencija za hranu osnovala je i Znanstveno vijeće i osam znanstvenih odbora kao stručna tijela za utvrđivanje znanstvenih mišljenja u okviru djelokruga agencije.