Policija i svjedoci su rekli da su crkve na rubu lučkog grada Mombase napadnute u ranim satim 25. prosinca nakon okupljanja vjernika povodom Božića.
Policija nema osumnjičenih ali istražuje mogućnost da su napade izvršili muslimanski militanti ili podržavatelji Republikanskog vijeća Mombase (MRC), ilegalnog pokreta koji želi da se obalna regija otcijepi od Kenije.
Mnogi muslimani na obali Indijskog oceana osjećaju se marginalizirani od većinski kršćanske kenijske vlade a povijesno srdačni odnosi između dvije zajednice posljednjih su godina postali napetiji.
Policija je priopćila da iza napada, u kojima je jedna crkva potpuna uništena, možda stoji muslimanska mladež koju kontroliraju radikalni klerici povezani sa somalskom militantnom skupinom al Shabaab.
"Crkve se nalazi na području koje većinom nastanjuju muslimani a pripadnici crkve su već prijavljivali prijetnje nekih mladića koji su im govorili da zatvore crkve", rekao je ravnatelj lokalne policijske postaje Robert Mureithi.
Al Shabaab je u rujnu napao trgovački centar u Nairobiju a u napadu je poginulo 67 osoba.
Viši kenijski muslimanski klerik ocijenio je da je palež možda pokušaj radikala da izazovu vjerske nemire.
"Oni žele da se kršćani počnu boriti s muslimanima tako da al Shabaab može napredovati u Keniji, ali mi je drago da su kršćani mudriji", rekao je agenciji Reuters šeik Juma Ngao, čelnik kenijskog Nacionalnog muslimanskog savjeta.