Policija je objavila da je uhitila desetke osoba koje su podizale barikade i gađale policajce kamenjem i molotovljevim koktelima.
Autobus je zapaljen u glavnome gradu Santiagu, gdje je 8.000 policajaca bilo raspoređeno radi spriječavanja nasilja.
Vojnim udarom 1973. svrgnut je demokratski izabrani predsjednik Salvador Allende i uvedena 17-godišnja vojna vlast.
Govoreći nakon mise, konzervativni desni predsjednik Sebastian Pinera pozvao je na nacionalno pomirenje.
"Siguran sam kako većina Čileanaca smatra da su mir i pomirenje nužni te da je nakon 40 godina došlo vrijeme ne da se zaborave, nego prevladaju traume iz prošlosti", istaknuo je.
Službena proslava obljetnice održana je u ponedjeljak u predsjedničkoj palači kada je Pinera kritizirao vojni udar kojim je počela 17-godišnja vladavina vojne hunte.
No, također je istaknuo da je to bio "predvidiv ishod" nakon "uzastopnih kršenja ljudskih prava" vlade socijalističkog predsjednika Allendea.
Oko 40.000 ljudi doživjelo je različita kršenja ljudskih prava od 1973. do 1990. Više od 3.000 ubijeno je ili nestalo, a njihova tijela zakopana u masovne grobnice ili bačena u more.