Mladi koje je nastojao i uspijevao udaljiti od mafije, predano radeći s njima, od milja su ga zvali Don Pino. Bio je poznat po upozorenjima koja je upućivao mafijašima u svojim propovijedima. Jedan od mafijaša koje je predvodio Gasspare Spatuzza ubio ga je 15. rujna 1993. metkom u zatiljak.
Taj je zločin šokirao Italiju te utjecao na porast svijesti o djelovanju talijanske mafije. Kardinal u miru podrijetlom iz Palerma, Salvatore De Giorgi, koji je na svečanosti predstavljao papu Franju, predvodio je ceremoniju uz još desetak svećenika i ostalih crkvenih dužnosnika.
"Beatifikacija Don Puglisija dar je Božji koji je iščekivala cijela Sicilija, ali ne samo Sicilija. I 20 godina nakon ubojstva Don Puglisi još uvijek nam govori. Govori vrlo snažno", rekao je bivši nadbiskup Palerma za L'Osservatore Romano.
Brat svećenika Puglisija, Gaetano nedavno je izjavio kako bi "više volio da mu je brat živ nego proglašen blaženim". "Crkva ga danas beatificira, no kada mu je uistinu trebala pomoć, pokraj njega nije bilo nikoga", rekao je Gaetano Puglisi.
Dvojica lokalnih mafijaških šefova Filippo i Gisuseppe Graviano priznali su da su naredili svećenikovo ubojstvo. Osuđeni su na doživotni zatvor.