Obrana generala Gotovine u žalbi je istaknula da je raspravno vijeće ICTY-a u zaključku presude da su napadi hrvatskih snaga na srpske civile i civilne objekte u Oluji bili nezakoniti pogriješilo i činjenično i pravno te su pozvali na ukidanje osuđujuće presude.
"General Gotovina traži da Žalbeno vijeće intervenira i ukine njegovu osuđujuću presudu po svim točkama. Zaključci raspravnog vijeća toliko su ozbiljno nerazumni da se presuda mora poništiti, a njegova osuda za odgovornost u svezi s udruženim zločinačkim pothvatom ukinuti", poručila je obrana u žalbi.
General Gotovina izdavao je zapovijedi i poduzimao radnje u sklopu Oluje s ciljem oslobađanja okupiranog hrvatskog teritorija i u kontekstu Oluje naredio je uporabu topništva na vojne ciljeve na crtama bojišnice te na vojne ciljeve u operativnoj dubini u hrvatskim gradovima Kninu, Benkovcu, Obrovcu i Gračacu te Drvaru u BiH, navodi se u žalbi.
"Čak i primjenom vlastitih mjerila za procjenu vjerojatnosti pogrešaka, raspravno vijeće pretpostavilo je da je od otprilike 1.205 topničkih projektila ispaljenih na te hrvatske gradove, oko 1.140 (94,5 posto) bilo usmjereno na vojne ciljeve."
"Ta pretpostavka u suglasnosti je s neumoljivom težinom dokaza", istaknula je obrana, navodeći kako tvrdnju o ciljanom granatiranju vojnih ciljeva potkrepljuju istrage UN-a nakon Oluje, američke analize, izvješće glavnog tajnika UN-a Vijeću sigurnosti i svjedočenje Gotovinina načelnika topništva Marka Rajčića.
"Raspravno vijeće nije moglo utvrditi izvan svake opravdane sumnje da je ijedan civil usmrćen ili ranjen tijekom granatiranja HV-a, a oštećenja civilnih objekata bila su minimalna."
Raspravno vijeće, navodi se u žalbi, nerazumno je zaključilo na temelju preostalih 5,5 posto projektila koji su navodno pogodili civilna područja, a ne civile ili civilne objekte, da su "cijeli gradovi tretirani kao ciljevi".
"Pod pretpostavkom nevinosti dok se ne dokaže krivnja, raspravno vijeće moralo je pretpostaviti da je određeni topnički projektil doista ispaljen na vojni cilj, osim ako nije dokazano izvan svake opravdane sumnje da je projektil ispaljen nezakonito. Raspravno vijeće stvorilo je svoje vlastito mjerilo za određivanje vjerojatnosti pogreške, koje nije utemeljeno ni na kakvim dokazima".
Stoga je raspravno vijeće zaključilo da su srpski civili napustili Knin, Benkovac, Obrovac i Gračac iz straha koji je nastao uslijed topničkog napada, unatoč nizu dokaza koji ukazuju na suprotno, a među kojima su i oni da su Srbi otišli zbog zapovijedi za evakuaciju koju je izdalo njihovo vlastito vodstvo RSK te da niti jedan srpski civil nikad nije izjavio da je bio teroriziran nezakonitim granatiranjem HV-a ili da je napustio Hrvatsku kao rezultat takvog nezakonitog granatiranja.
Unatoč dokazima, raspravno je vijeće zaključilo da je Gotovina u pogledu sprječavanja i sankcioniranja zločina bio toliko nemaran da to predstavlja značajni doprinos udruženom zločinačkom pothvatu, navodi se u žalbi, u kojoj se kao pogrešni odbacuju i drugi zaključci o sudjelovanju generala u udruženom zločinačkom pothvatu.
Obrana je upozorila da je raspravno vijeće Haaškoga suda, umjesto da presudi na temelju tužiteljske interpretacije dokaza te ih prihvati ili odbaci i slijedom toga oslobodi generala Antu Gotovinu, odlučilo u presudi izgraditi vlastiti predmet protiv hrvatskog generala uskraćujući mu time pravo na pravično suđenje. Suci su, objašnjava obrana, uveli nove vlastite kriterije za presudu s kojima optuženi nije bio ni upoznat tijekom postupka umjesto da su primijenili kriterije na temelju kojih je tužiteljstvo vodilo postupak.
Pri tom se precizira da Gotovina nije bio upoznat da mu se sudi temeljem kriterija za nezakonitost topničkih pogodaka koji su promašili cilj za više od 200 metara, umjesto 400 metara što je bilo u tužiteljskom predmetu, te da nije bio ni upoznat da se analiziraju pojedinačni pogotci umjesto napada u cjelini niti sposobnost HV-a da pogodi naknadno dodane ciljeve.
Obrana generala Markača poručila je u svojoj žalbi da je raspravno vijeće u presudi pogrešno zaključilo, oslanjajući se na svoje pogrešno tumačenje transkripta Brijunskog sastanka kao jedinog dokaza, da je pred operaciju Oluju osmišljen udruženi zločinački pothvat cilj kojega je bilo trajno uklanjanje srpskog stanovništva činjenjem zločina, te da je general Mladan Markač u njemu sudjelovao i značajno mu pridonio.
Markačeva obrana zatražila je od žalbenoga vijeća da oslobodi Markača i poručila da je "raspravno vijeće pogriješilo utvrđujući da je postojao takav udruženi zločinački pothvat i da je nakon što je pogrešno utvrdilo njegovo postojanje pogriješilo i utvrdivši da je žalitelj odgovoran na temelju njegova navodnog značajnog doprinosa udruženom zločinačkom pothvatu".
U žalbi je istaknuto da je raspravno vijeće počinilo i pravne i činjenične pogreške u analizi brijunskog sastanka na kojem je hrvatski vojni vrh predvođen predsjednikom Franjom Tuđmanom 31. srpnja 1995. planirao vojno-redarstvenu akciju oslobađanja okupiranih područja Hrvatske - Oluju.
Zaključku suda da je put za izvlačenje civila na početku Oluje ostavljen radi trajnog uklanjanja srpskog stanovništva obrana u žalbi suprostavlja druge moguće legalne razloge koje je vijeće ignoriralo a to su razlozi vojne prirode poput osiguranja brze vojne akcije i brzog demoraliziranja protivnika ili izbjegavanje žrtava u hrvatskim snagama. Ti zaključci nužno proizlaze iz brijunskog transkripta, upozorava obrana i ističe da raspravno vijeće to nije ni razmatralo nego se samo koncentriralo na dilemu radi li se o koridoru radi progona civila ili koridoru radi njihove zaštite, što je bilo objašnjenje svjedoka koji čak nije ni sudjelovao na Brijunskom sastanku.
Osporavajući tumačenje Tuđmanove rečenice o tobožnjem jamstvu građanskih prava Srba koje je usvojilo raspravno vijeće obrana ukazuje na to da tim riječima prethode neke njegove riječi koje zbog nerazumljivosti nisu u transkriptu i sugerira da bi one mogle promijeniti kontekst rečenice iz koje je vijeće izvuklo zaključak o zločinačkoj namjeri pothvata.
Obrana ističe i da na suđenju nije izveden nijedan svjedok koji bi osvijetlio i neke druge okolnosti poput činjenice je li Markač uopće bio čitavo vrijeme u dvorani uključujući i u trenutku dok su izgovarane rečenice na kojima vijeće gradi zaključak o udruženom zločinačkom pothvatu. "Ako cijeli predmet protiv žalitelja u pogledu udruženog zločinačkog pothvata ovisi o tome je li čuo ili nije čuo jednu riječ a o tome nema nikakva dokaza - to ilustrira koliko je apsurdno tanak predmet protiv žalitelja".
Obrana upozorava i da su Markačeve opaske na sastanku bile ograničene na operativna pitanja pa nije bilo nikakvih dokaza niti da je bio svjestan nekog zločinačkog plana niti da se s njime suglasio te je bilo pravno pogrešno iz same nazočnosti sastanku izvlačiti zaključak o nužnom članstvu u udruženom zločinačkom pothvatu.
Obrana je upozorila i da je vijeće povredu prava počinilo jer nije ni razmatralo kao moguću interpretaciju činjenica da su Brijuni bili sastanak na kojem se dogovarala legitimna akcija oslobađanja koja je potom navodno provedena nezakonito. Pri tom su istaknuli da se vijeće moralo odrediti u pogledu legalnosti operacije Oluje jer to može proizvesti međunarodno-pravne posljedice po Hrvatsku. Također obrana je upozorila i na pogreške u tumačenju brijunskog sastanka u svjetlu kasnijih događaja tim više što ti "kasniji događaji" - granatiranje civila i spriječavanje njihova povratka nisu nikad ni spomenuti na samom sastanku.
Što se tiče oslobađajućih dokaza, poput sastanka Šušak-Markač 2. kolovoza 1995. na kojem je zaključeno da se svi prijestupi moraju spriječiti, obrana je upozorila da ih vijeće zaobilazi redefiniranjem udruženog zločinačkog pothvata na način da nedosljedno tvrdi da on nije uključivao palež i pljačku ali jeste progon, iako kasnije na mala vrata uvlači i palež i pljačku kao zločine podvedene pod prošireni zločinački potvat.
Markačeva obrana je navela da je vijeće pogrešno zaključilo da je do zločina deportacije došlo zbog topničkih napada na civile zanemarujući kao razlog odlaska druge faktore poput loših životnih uvjeta, rasta napetosti u regiji, anithrvatske propagande, želje ljudi da ne žive u Hrvatskoj i naredbi za evakuaciju koju je izdalo vodstvo tzv. RSK ili planova SRJ da Srbe nasele na drugim područjima bivše Jugoslavije.
Prvostupanjskom presudom sud je Gotovinu i Markača osudio na 24 odnosno 18 godina zatvora.