Posjet Svetoga Oca počinje u subotu, 4. lipnja, dolaskom Papina zrakoplova u Zračnu luku Zagreb, gdje će ga dočekati najviši politički i vjerski predstavnici.
Zatim će se susresti s hrvatskim predsjednikom Ivom Josipovićem te predsjednicom vlade Jadrankom Kosor, a predvečer u Hrvatskom narodnom kazalištu i s predstavnicima civilnog društva, svijeta politike, znanosti, kulture, poduzetništva, vjerskim predstavnicima. Isti dan, u večernjim satima, bit će s mladima na bdijenju na Trgu bana Jelačića.
Kao središnji događaj najavljeno je svečano euharistijsko slavlje koje će Papa na latinskom predvoditi na hipodromu u nedjelju, 5. lipnja, u povodu Nacionalnog dana hrvatskih katoličkih obitelji. Na kraju mise predvodit će molitvu Kraljice neba i uputiti poruku vjernicima diljem svijeta (Urbi et Orbi). Nakon toga ručat će s hrvatskim biskupima, biskupima gostima i članovima svoje pratnje u novom sjedištu Hrvatske biskupske konferencije.
U zagrebačkoj katedrali Papa će predvoditi Večernju (Vespera) s biskupima, svećenicima, redovnicima, redovnicama, bogoslovima i sjemeništarcima te se pomoliti na grobu blaženog Alojzija Stepinca i posjetiti Nadbiskupski dvor.
Svečanost oproštaja u zagrebačkoj zračnoj luci zakazana je za 19,15 sati, a Papa u 19,45 sati zrakoplovom Croatia Airlinesa odlazi u Rim.
Prvi posjet rimokatoličkog poglavara Hrvatskoj bio je još tijekom rata, 10. i 11. rujna 1994., kad je papu Ivana Pavla II. na zagrebačkom hipodromu dočekalo gotovo milijun vjernika, a Sveti je Otac pozvao na zajedništvo, opraštanje i promicanje kulture mira. Povod za to prvo hodočašće bila je 900. obljetnica osnutka Zagrebačke nadbiskupije.
Za drugog hodočašća Hrvatskoj, pod geslom "Bit ćete mi svjedoci", od 2. do 4. listopada 1998., papa Ivan Pavao II. posjetio je Zagreb, Split (koji je slavio 1700. obljetnicu grada) te Solin. Tom prigodom je u Mariji Bistrici proglasio blaženim mučenika za istinu i jedinstvo Crkve zagrebačkog nadbiskupa Alojzija Stepinca. "U osobi se novog blaženika spaja cjelokupna tragedija koja je pogodila hrvatsko pučanstvo i Europu tijekom ovog stoljeća", rekao je Ivan Pavao II. u prigodi Stepinčeve beatifikacije.
Papa je treći put bio u Hrvatskoj od 5. do 9. lipnja 2003., što je bilo njegovo 100. apostolsko putovanje izvan Italije, od 103 koliko ih je imao od stupanja na dužnost 1978. Na Krku je nakon slijetanja zrakoplova rekao da s posebnom radošću stupa "na drago hrvatsko tlo", podsjetivši kako je Hrvatska oduvijek bila Europa.
U sklopu toga pastoralnog pohoda Hrvatskoj posjetio je Đakovo i Osijek, Rijeku, Zadar i Dubrovnik, gdje je u Gružu beatificirao Mariju Propetog Isusa Petković, utemeljiteljicu družbe Kćeri milosrđa, koja je u sklopu rada u redovničkim zajednicama posebno pomagala siromašnima i prezrenima.