Karadžić je bio zajedno s Mladićem optužen za genocid i druge ratne zločine počinjene u Bosni i Hercegovini između 1992. i 1995. godine, no nakon njegova uhićenja i prebacivanja u Haag u srpnju 2008. predmeti su razdvojeni kako bi suđenje Karadžiću moglo započeti.
Trenutno traje stanka na suđenju koje se nastavlja u utorak 31. svibnja novim svjedocima tužiteljstva. Tužitelji su od 26. listopada 2009., kada je suđenje započelo uvodnim riječima tužitelja, izveli veći broj svjedoka protiv Karadžića koji su opisivali višegodišnje teroriziranje i opsadu Sarajeva u kojoj su poginule tisuće Sarajlija. Iskaze je dalo i nekoliko pripadnika UN-a koje su snage bosanskih Srba držale kao taoce te nekoliko stručnih svjedoka.
U haškom tužiteljstvu u četvrtak se nije mogao dobiti odgovor na pitanje postoji li mogućnost spajanja postupaka protiv dvojice optuženih vođa bosanskih Srba. Haaški sud je dosad u nekoliko slučajeva spajao predmete ali se uglavnom radilo o slučajevima koji su bili na samom početku te stoga nije dolazilo do zastoja u postupcima.
Proteklih godinu i pol suđenja obilježeno je Karadžićevim iskorištavanjem proceduralnih mogućnosti za otezanje postupka pa je tužiteljstvo potrošilo tek nešto više od sto sati od 300 koliko im je sudsko vijeće dodijelilo za dokazni postupak.
Karadžić, koji se brani sam, u početku je odbijao doći u sudnicu jer je tvrdio da nije spreman za početak suđenja a nakon toga vodio je, u maniri vođe srpskih radikala Vojislava Šešelja, rat sa sudskim vijećem oko nametanja branitelja po službenoj dužnosti koji ga je trebao zastupati u sudnici u njegovoj odsutnosti, te niza drugih pitanja. Nakon što se odlučio osobno pojaviti na suđenju nastavio je bombardirati sudsko vijeće nebrojenim prigovorima i zahtjevima od onih za odgodama suđenja, preko prigovora oko financiranja obrane do zahtjeva tužiteljima za dostavom bezbrojnih dokumanata i nebrojenih sati za ispitivanje svakog pojedinog tužiteljskog svjedoka. Stoga se tužitelji žale da je Karadžić u proteklih godinu dana potrošio 70 posto ukupnog vremena rasprave na svoje prigovore i protuispitivanje tužiteljskih svjedoka.
Haaško je tužiteljstvo u uvodnoj riječi na početku suđenja opisalo Karadžića kao arhitekta politike etničkog čišćenja i osobu koja je imala punu kontrolu, kao vrhovni zapovjednik snaga bosanskih Srba, nad podređenima. On je bio, kako je kazao tužitelj Alan Tieger, jedan od glavnih sudionika udruženog zločinačkog pothvata cilj kojeg je bio nasilno i trajno uklanjanje bosanskih Muslimana, Hrvata i drugih nesrba iz velikih dijelova BiH radi stvaranja etnički čiste srpske zemlje.
Karadžića se tereti za etničko čišćenje koje je u nekim dijelovima BiH imalo razmjere genocida, uključujući područje Srebrenice u kojoj su u srpnju 1995. pobijene tisuće muslimanskih muškaraca, višegodišnju opsadu i teror Sarajlija te uzimanje pripadnika UN-a za taoce.
Karadžić je u svojim uvodnim riječima potvrdio da je imao važnu ulogu u Republici Srpskoj ali je zanijekao svaku odgovornost za zločine, tvrdeći da se iza njih krije zavjera protiv njega i Srba koju je iznutra predvodilo muslimansko vodstvo a izvana zemlje poput Turske i Njemačke te da je vodstvo bosanskih Srba bilo za mir i suživot.
Svoje teorije zavjere Karadžić je dalje razvijao i tijekom suđenja pa je nebrojeno puta ustvrdio da je primjerice masakr na Markalama u kojem su u kolovozu 1995. poginule 43 osobe i ranjeno njih više od 70 insceniran kako bi UNPROFOR imao opravdanje da zatraži zračne udare NATO-a.
Karadžić je uhićen 21. srpnja 2008. a u Haag je prebačen 30. srpnja. Dan kasnije bio je izveden pred suca kako bi se izjasnio o optužnici.