Vlahovića, koji je u ožujku 2010. nakon višegodišnjeg skrivanja uhićen u Španjolskoj i izručen vlastima BiH, tereti se za progone, ubojstva, silovanja, zlostavljanja, odvođenja u ropstvo i prisilne nestanke.
Državno odvjetništvo je u 56 točaka optužnice najavilo da će biti saslušano 105 svjedoka iz sarajevskih naselja koja su se nalazila pod nadzorom srpskih vojnih snaga u BiH, koji bi trebali svjedočiti o tome da je Vlahović ubio i sudjelovao u ubojstvima više od 30 civila, te silovao više od 10 žena.
U optužnici se precizira i da je Vlahović određeni broj žena više puta silovao te je omogućavao i drugim vojnicima da ih seksualno zlostavljaju.
Vlahović je na početku sudskog postupka zanijekao krivnju, ustvrdivši da je veliki broj dokaza montiran.