Tako Koordinacija udruga proizišlih iz Domovinskog rata Hrvatske zajednice Herceg- Bosne (HZ HB) ističe da je "zločinački pothvat izmišljotina kojoj je cilj dovesti hrvatski narod i državu, zbog njezina geostrateškog položaja, u podređeni položaj i pretvaranje u koloniju bez stvarnoga suvereniteta".
Branitelji pozivaju na dostojanstvo i zajedništvo domovinske i iseljene Hrvatske i navode da je presuda generalima "još jedna u nizu nepravdi kojima je kroz povijest bio izložen hrvatski narod, kao malo koji drugi narod".
Udruga branitelja, invalida i udovica Domovinskoga rata djelatnika "Podravke" (UBIUDR) ističe da, se nakon sramotne presude hrvatskim generalima može samo još jednom ustvrditi - "Europa nas je drugi put izdala - prvi put kad nisu na vrijeme reagirali i zaustavili srpsko-jugoslavenskog agresora, a drugi put kad je Haški sud donio nepravednu presudu ljudima koji su branili i obranili hrvatsku državu, za koju je život položilo oko 15 tisuća nevinih ljudi.
Udruga hrvatskih liječnika dragovoljaca 1990. – 1991. pak "s gnušanjem odbacuje presude generalima Gotovini i Markaču izvučene iz glavne optužnice o zajedničkom zločinačkom pothvatu, što predstavlja potpuno izvrtanje činjenica". Odbacuje optužbu da se radilo o međunarodnom sukobu te očekuje od hrvatskoga državnog vrha da se oštro suprotstavi "toj sramotnoj presudi koja je nastala u sprezi dijela međunarodne zajednice, srpskog agresora i hrvatskih izdajnika na čelu s bivšim predsjednikom Mesićem".
Hrvatsko kulturno vijeće (HKV) smatra da su presude generalima Gotovini i Markaču prvorazredni pravosudni skandal koji će imati teške posljedice za međunarodno pravo te da odgovornost za presude snosi i hrvatska državna vlast u zadnjih deset godina, koja je, ističu, "bezpogovornim služenjem a ne suradnjom s ICTY-em, izdala hrvatske interese i omogućila politici zemalja koje su željele i žele propast hrvatskoj državi, da putem opisanoga suda ostvaruju svoje ciljeve".
Nadstranačka inicijativa i udruga "Volim Hrvatsku" ocijenila je da je presuda generalima Gotovini i Markaču i kvalifikacije koje su u njoj iznijete presuda Domovinskom ratu i Republici Hrvatskoj i imat će nesagledive i teške posljedice za budućnost Hrvatske i Hrvata. Za tu udrugu presuda je i" konačna potvrda postojanja zločinačkoga pothvata protiv suvereniteta Hrvatske, u kojem sinhronizirano djeluju EU i sud u Hagu". Dodaje da "Hrvatska nema što čekati, i da je vrijeme za prijevremene izbore i uspostavu moralne, domoljubne i odgovorne politike".