Zapečaćena optužnica s uhidbenim nalogom protiv Gotovine u Hrvatsku je stigla u lipnju 2001., zajedno s optužnicom protiv generala Rahima Ademija za zločine u akciji "Medački džep". Bio je to, kako su ocijenili domaći i strani mediji, najozbiljniji test suradnje s Haaškim sudom tadašnje koalicijske vlade Ivice Račana, ali ispostavilo se i iduće vlade Ive Sanadera.
Javnost je za optužnicu doznala u srpnju kad se otkrilo i da je Račan uložio pismeni prigovor tadašnjoj glavnoj haaškoj tužiteljici Carli del Ponte u kojemu je pojedine dijelove optužnice ocijenio dvojbenim i neprihvatljivim. No Račanova vlada je odlučila postupiti po zahtjevima Haaškog suda, što je izazvalo trzavice u koaliciji i gotovo pad vlade.
Godinu dana prije koalicijska vlast donijela je Deklaraciju o suradnji s Međunarodnim kaznenim sudom u Den Haagu kojom mu je priznala nadležnost nad akcijama "Bljesak" i "Oluja", što je bilo u suprotnosti s rezolucijom iz 1999. kojom je prijašnja HDZ-ova vlast osporila tu nadležnost suda u Den Haagu, osnovana rezolucijom Ujedinjenih naroda u svibnju 1993. Ustavni zakon o suradnji s tim sudom, koji podrazumijeva ustupanje kaznenog postupka, pravnu pomoć hrvatskih sudova i drugih državnih tijela te predaju okrivljenika tom sudu, Hrvatska je donijela 1996.
Bivši pripadnik francuske Legije stranaca Gotovina optužnicu je dočekao u mirovini jer ga je u rujnu 2000. tadašnji hrvatski predsjednik Stjepan Mesić umirovio zajedno s Ivanom Čermakom i još deset generala zbog njihova pisma javnosti u kojem su pozvali vlast i medije da prestanu kriminalizirati Domovinski rat i branitelje.
Ubrzo se iz Chicaga javio odvjetnik Luka Mišetić i, predstavljajući se kao Gotovinin pravni zastupnik, odbacio je sve haaške optužbe. Za njegovim se branjenikom potom raspisuje najprije domaća, a ubrzo i međunarodna tjeralica. Kasnije je MUP raspisao i novčanu nagradu.
Uslijedila je potraga za Gotovinom koji je idućih godina "viđen" na Jadranu, u Italiji, Francuskoj, a haaško tužiteljstvo čak je sumnjalo da se skriva u samostanu hercegovačkih franjevaca. Dugo je Carla del Ponte tvrdila da se Gotovina skriva u Hrvatskoj, što su hrvatske vlasti uporno nijekale.
I dok su hrvatske vlasti tragale za Gotovinom, u Hrvatsku je u rujnu 2002. iz Haaga stigla optužnica protiv bivšeg načelnika Glavnog stožera Hrvatske vojske Janka Bobetka zbog zločina u Medačkom džepu. Vezano uz tu optužnicu vlada je zatražila mišljenje Ustavnog suda koji je utvrdio da su oslobodilačke akcije hrvatske vojske u Domovinskom ratu bile u skladu s Ustavom, ali da nije nadležan utvrđivati događaje, radnje i postupanja u pojedinim oslobodilačkim akcijama.
Gotovinini branitelji u to su vrijeme vodili pravnu bitku za priznanje svog statusa i dobivanje dokumentacije koju je Račanova vlada poslala Haagu. Zbog toga je 2003. u Hrvatskom saboru zatražena interpelacija o radu vlade, tražeći da se vlada obveže na dostavu dokumenata, zbog čega se na zagrebačkom Općinskom sudu vodio spor. Vlada je to odbijala s obrazloženjem da se odvjetnici pred Haaškim sudom nisu legitimirali kao stranka u postupku i zbog toga što Gotovina nije zaprimio optužnicu. Sabor je na kraju prihvatio zaključak kojim se vlada obvezuje svim hrvatskim braniteljima osumnjičenima ili optuženima u Haagu osigurati svu pravnu pomoć i dokumentaciju nužnu za obranu. U Gotovininu slučaju to se dogodilo početkom 2004., nakon dolaska na vlast HDZ-a predvođena Sanaderom. Njegova vlada odlučila je poštivati odluku općinskog suda koji je presudio u korist Gotovinina tima.
U lipnju 2003. suvlasnik i novinar tjednika "Nacional" Ivo Pukanić, poslije ubijen u atentatu u Zagrebu, objavio je razgovor s odbjeglim Gotovinom koji je rekao da priznaje Haaški sud i da je spreman razgovarati s haaškim istražiteljima pod određenim uvjetima.
Tadašnja vlast optuživala je bivšu HDZ-ovu da je otežala Gotovinin položaj jer mu 1998. nije omogućila razgovor s haaškim istražiteljima kao što je to bio slučaj s generalom Petrom Stipetićem.
Sredinom lipnja 2003. i predsjednik Stjepan Mesić je od glavne haaške tužiteljice tražio da razmotri mogućnost izmjene ili povlačenja optužnice protiv Gotovine. Carla del Ponte to je odbacila, istaknuvši kako je jedino rješenje da se Gotovina dragovoljno preda ili uhiti.
Optužnice protiv generala Ivana Čermaka i Mladena Markača stigle su u ožujku 2004. Oni su se odmah dobrovoljno predali Haaškom sudu, a u hrvatskim medijima pojavila se videosnimka Gotovinina sastanka s vojnim zapovjednicima u tek oslobođenu Kninu, na kojem je Gotovina upozorio da je nakon "Oluje" nastao kaos te se zauzeo da se to spriječi. Za obranu to je bio još jedan dokaz kojim se pobija teza optužnice da je Gotovina sudjelovao u udruženom zločinačkom pothvatu s ciljem prisilna i trajna uklanjanja srpskog stanovništva iz krajine. Mediji su ocijenili kako bi snimka mogla olakšati Gotovinin položaj, ali i otežati Čermakovu obranu koji je nakon "Oluje" bio zadužen za normalizaciju stanja u tom gradu.
U travnju 2004. Carla del Ponte konačno je ocijenila da Hrvatska u potpunosti surađuje, što je rezultiralo i pozitivnim avisom Europske komisije i otvaranjem pregovora s Hrvatskom o punopravnom članstvu u Europskoj uniji.
Nakon pola godine u javnosti se pojavljuju transkripti sa sastanka predsjednika Franje Tuđmana s generalima HV-a na Brijunima uoči "Oluje", na kojima se temelji optužnica protiv hrvatskih generala. Haag je taj dokument imao od 2000., a u jesen 2002. uveden je kao dokaz na haaškom suđenju Slobodanu Miloševiću. U Saboru se tada tražilo osnivanje istražnog povjerenstva koje bi trebalo utvrditi okolnosti "curenja" transkripata iz predsjednikova ureda i njihova prosljeđivanja Haagu te je li riječ o krivotvorini, kao što su tvrdili Gotovinini branitelji pozivajući se i na izjave nekih sudionika sastanka koji su izrazili sumnju u vjerodostojnost transkripata. No u svibnju iduće godine zagrebačko Općinsko državno odvjetništvo odbacilo je njihovu kaznenu prijavu, utvrdivši da nije riječ o krivotvorini.
Potkraj 2004. ponovno su zahlađeni odnosi s Haagom pa je Carla del Ponte pred Vijećem sigurnosti UN-a ponovno kritizirala Hrvatsku jer nije uhvatila Gotovinu. Kritikama se pridružila i Europska komisija pa je potraga za Gotovinom pojačana. Tako je u početku 2005. policija u mjesec dana provjerila više od dvije tisuće osoba, prostorija i objekata, kontrolirala gotovo 65 tisuća vozila, tri tisuće brodova na moru, a na granici oko 23 tisuće osoba.
Vijeće ministara EU-a ipak je tada odgodilo početak pristupnih pregovora, a štovatelji generala Gotovine širom Hrvatske odgovorili su lijepljenjem plakata s njegovim likom, najčešće uz parolu "Heroj, a ne zločinac".
Hrvatski mediji su u travnju 2005. objavili da je Gotovina pobjegao s lažnom putovnicom. Ubrzo su zbog toga osumnjičene tri osobe, među kojima i pokojni Marijan Pedišić, jedan od hrvatskih branitelja Ante Gotovine.
Vijeće ministara EU-a u listopadu iste godine je nakon pozitivna izvješća Carle del Ponte otvorilo pregovore s Hrvatskom.
Dva mjeseca poslije Gotovina je uhićen na Kanarskim otocima, nakon čega su u više hrvatskih gradova organizirani skupovi potpore generalu.
Sanaderova vlada je u rujnu 2006. pred Haaškim sudom zatražila status "prijatelja suda" (amicus curie) kako bi pokušala osporiti neprihvatljive kvalifikacije u optužnicama, no to je odbijeno s obrazloženjem da se takav status općenito dodjeljuje kako bi se sudu pomoglo da rasvijetli pravna pitanja, a da Hrvatska "želi utjecati" na predmete koji se "tiču isključivo pitanja u svezi s činjenicama".
Nakon Gotovinina uhićenja i početka suđenja suradnja Hrvatske s Haaškim sudom, prije svega s tamošnjim tužiteljstvom, i dalje je bila pod povećalom međunarodne zajednice, a nove napetosti između Zagreba i Den Haaga izazvali su tzv. topnički dnevnici. Haaško tužiteljstvo te je dnevnike trebalo kako bi dokazalo tezu o prekomjernu i neselektivnu granatiranju Knina pa je čak od suda tražilo da se Hrvatskoj izda subpoena zbog njihova navodna skrivanja. No to je 2010. odbijeno s obrazloženjem da je nemoguće sa sigurnošću utvrditi postoje li uopće ti dokumenti.
Hrvatske vlasti su dvije godine tragale za tim dokumentima, što je potkraj 2008. rezultiralo i optužnicom protiv člana Gotovinina braniteljskog tima, zagrebačkog odvjetnika Marina Ivanovića. Optužen je da je prikrivao rokovnik zapovjednika topničko-raketne skupine za vrijeme "Oluje" Ante Karduma, no zagrebački Općinski kazneni sud ga je oslobodio optužbe.
Spor s haaškim tužiteljstvom zbog tzv. topničkih dnevnika završio je pred kraj suđenja zaključkom troje sudaca da je Hrvatska ispunila svoje obveze prema tužiteljstvu. Tzv. topnički dnevnici bili su glavna zapreka nastavku hrvatskih pristupnih pregovora s EU-om, jer je nekoliko članica EU-a, pozivajući se na nezadovoljstvo haaškog tužitelja suradnjom Hrvatske, neko vrijeme blokiralo otvaranje 23. poglavlja - Pravosuđe i temeljna prava.