Iako je u središtu njegova prvog posjeta Sloveniji bilo pokretanje rasprave o razlozima nepovjerenja u europske institucije koji su se pokazali prošle godine, posebice negativnim referendumom o Europskom ustavu u Francuskoj i Nizozemskoj, Barroso se na zajedničkoj konferenciji za novinare s premijerom Janezom Janšom, te kasnije u parlamentu, osvrnuo i na očekivanja Europske komisije od Slovenije kad je riječ o odnosima s državama na području zapadnog Balkana u svjetlu njihove europske perspektive, te o odnosima s Hrvatskom glede otvorenog pitanja granice na moru.
"Ono što očekujemo od Slovenije jest da će ona dati prilog našem zajedničkom stavu u formiranju politike prema području zapadnog Balkana", rekao je Barroso nakon susreta sa slovenskim premijerom. Janša je Barrosu zajamčio da će Slovenija i u vrijeme kad bude predsjedala Europskom unijom, u prvoj polovici 2008., zadržati politiku prema susjedima i jugoistoku Europe jednim od svojih prioriteta.
Europska perspektiva država zapadnog Balkana vrlo je važna s aspekta mira i stabilnosti, a Slovenija tu regiju najbolje poznaje i može dati svoj prilog kolektivnoj europskoj diplomaciji, ocijenio je predsjednik Europske komisije nakon susreta sa slovenskim premijerom, dodajući da će države u regiji postati članicama EU-a samo i tek onda kad ispune sve gospodarske i političke uvjete.
U govoru u slovenskom parlamentu Barroso je pozvao Sloveniju da se uključi u europsku raspravu o tome kako prevladati trenutačno nepovjerenje u europske institucije i nacionalne vlade koje po Barrosovom mišljenju nije posljedica krize institucija Europske unije nego posredni refleks straha koje građanima u državama EU donose globalizacija, nezaposlenost i drugi socijalni izazovi 21. stoljeća.
Pohvale koje Sloveniji dolaze iz Bruxellesa kao ambicioznoj i uzornoj novoj članici "imaju svoju cijenu" u obliku viših domaćih poreza, rekao je Barrosu zastupnik Saša Pečet iz Slovenske nacionalne stranke i dodao da Europska unija nije ispunila očekivanja Slovenaca jer su, kako je rekao, prilikom integracije u EU doživljavali pritiske susjednih država, te da se Bruxelles ne želi miješati u teritorijalni spor Slovenije i Hrvatske unatoč obećanju da će u EU postojati zajednička vanjska politika prema trećim državama.
Barroso je odgovorio da se ne želi upuštati u povijesne ocjene, ali da treba znati da europska ideja nosi u sebi i proces pomirenja.
Odgovarajući na pitanje o graničnom sporu Slovenije i Hrvatske, Barroso je ponovio da je riječ o bilateralnom pitanju koje države moraju u konstruktivnom dijalogu i dobrosusjedskom duhu same riješiti.
"Naše je jasno stajalište da se radi o bilateralnom pitanju i baš na taj način pokazujemo poštivanje neovisnosti Slovenije i Hrvatske", rekao je Barroso, dodajući da miješanje Europske komisije u taj spor "ne bi bilo dobro" za Sloveniju kao neovisnu i suverenu članicu.
Barroso je rekao da poziva sve strane u tom sporu da ga riješe "u konstruktivnom i pozitivnom duhu".
Za razliku od graničnog pitanja koje je isključivo bilateralno, u području određivanja pravila ribolova Europska komisija doduše ima određene ovlasti, ali naravno samo uz suradnju obiju strana koje su suverene i neovisne, rekao je Barroso.