Kako je obrazložio predsjedatelj Sudskog vijeća Pietro Spera, Miroslav Prce je jednoipolgodišnju zatvorsku kaznu u ovom postupku dobio zbog zloporabe položaja jer je u ožujku 2001. godine, u vrijeme pokušaja uspostave hrvatske samuprave u BiH, naredio da se pripadnici Hrvatskog vijeća obrane (HVO) pošalju iz vojarni kućama na čekanje pri čemu su pripadnici HVO-a ostali bez plaća.
"Prce je kao ministar obrane Federacije BiH zloupotrijebio svoj položaj jer nije imao ovlasti za donošenje odluke o slanju pripadnika HVO-a kućama na čekanje. Prce je time nanio štetu pripadnicima HVO-a i Ministarstva obrane Federacije BiH počinivši kazneno djelo", objasnio je Spera.
Predsjedatelj Sudskog vijeća je također rekao da u ovom sudskom postupku nisu dokazani navodi da su Prce i Ćurčić podrivali vojnu i obrambenu moć Federacije BiH. Po Sperovim riječima Prce i Ćurčić su naredili da se u ožujku 2001. godine obustave obuka i pokreti pripadnika HVO-a, te da se skinu federalna obilježja s odora vojnika HVO-a, ali osim sumnje nije dokazano da su time podrivali obrambenu i vojnu moć Federacije BiH.
Branitelji Prce i Ćurčića su tijekom postupka tvrdili da su pripadnici Stabilizacijskih snaga u BiH (ESFOR-a) bili jamac vojne i obrambene moći Bosne i Hercegovine te da mimo Stabilizacijskih snaga nije mogla biti ugrožena vojna i obrambena moć BiH.
Prce se već nalazi na izdržavanju petogodišnje zatvorske kazne na koju je nagodbom s Državnim sudom BiH u rujnu 2004. godine osuđen u slučaju "Hercegovačka banka". Sudsko vijeće mu je danas spojilo presudu u slučajevima "Hercegovačka banka" i "Hrvatska samouprava" u jedinstvenu kaznu od 6 godina zatvora, što je za šest mjeseci manje od stvarnog zbroja dviju kazni. Objašnjeno je da je u sudskoj praksi uobičajeno da se pri spajanju dviju zatvorskih kazni, jedinstvena kazna može biti manja od stvarnog zbroja dviju kazni. U izdržavanje cjelokupne zatvorske kazne od 6 godina Prci će, kako je objasnio Pietro Spera, biti uračunato 15-mjesečno razdoblje provedeno u zatvoru od rujna 2004. godine do danas. Također je potvrđeno da će u izdržavanje spojene zatvorske kazne Prci biti uračunato još 8 mjeseci provedenih u pritvoru od siječnja 2004. godine do izricanja presude u slučaju "Hercegovačka banka" u rujnu 2004. godine. To znači da je Prci preostalo, kako je objašnjeno, izdržati još oko 4 godine zatvorske kazne.
Prce je tijekom postupka u slučaju "Hrvatska samouprava" odbacivao navode o krivnji iz optužnice tvrdeći da je samo postupao po naredbama bivšega hrvatskog člana Predsjedništva BiH Ante Jelavića. Jelavić je također optužen u slučaju "Hrvatska samouprava", ali je nedostupan bosanskohercegovačkim sudovima. On je već 5 mjeseci u bijegu nakon što je u slučaju "Hercegovačka banka" nepravomoćno osuđen na 10 godina zatvora. Jelavić je u slučaju "Hercegovačka banka" okrivljen za pronevjeru novca što ga je Hrvatska kao pomoć slala Hrvatima u BiH posredstvom "Hercegovačke banke".