"Uzimajući u obzir Matulovićevo svjedočenje u cjelini, Gotovinina obrana ne vjeruje da njegovo svjedočenje podupire tezu da Šeparović nije nužan svjedok", navodi se u odgovoru odvjetnika Mišetića na podnesak odvjetnika Šeparovića kojim je zatražio od Haškog suda dozvolu da uloži žalbu na odluku Raspravnog vijeća o isključenju iz predmeta zbog sukoba interesa.
Mišetić navodi da Šeparovićev podnesak sugerira da Mišetić nije bio iskren prema sudskom vijeću i dodaje da je takva "Šeparovićeva provokacija" nagnala obranu generala Gotovine da iznese puni opseg Mišetićeva razgovora sa sucem Matulovićem.
Mišetić navodi kako je, uz ono što je Šeparović točno prenio u svom podnesku, Matulović u razgovoru s Gotovinim braniteljima kazao i da je "Ministarstvo pravosuđa bilo zakonom obvezno na nadzor i praćenje rada civilnih i vojnih sudova", da je Matulović bio obvezan slati redovita izvješća Ministarstvu pravosuđa o radu splitskog vojnog suda i da je to i činio, ali da isto tako nije morao slati takva izvješća ni Ministarstvu obrane a ni ijednom drugom tijelu u vojnoj zapovjednoj liniji.
Matulović je, kako piše Mišetić, svjedočio i da je "Ministarstvo pravosuđa moglo započeti disciplinske postupke protiv sudaca vojnih sudova koji nisu ispunjavali svoje dužnosti u skladu s hrvatskim zakonima, za razliku od Ministarstva obrane koje to nije moglo učiniti", kao i da je "Ministarstvo pravosuđa moglo razriješiti suca vojnog suda ukoliko svoju dužnost nije dobro obavljao, za razliku od Ministarstva obrane".
Šeparović je u svom podnesku, kojim traži mogućnost da ospori odluku o svom isključenju iz predmeta, naveo da su odgovornost i kontrola nad radom vojnih sudova bili u rukama Vrhovnog suda, te da ni ministar pravosuđa a ni ministar obrane nisu imali pravne ili stvarne ovlasti da interveniraju i kontroliraju rad sudova u Hrvatskoj, bilo vojnih bilo civilnih.
U svojoj izjavi priloženoj podnesku Šeparović je napisao: "U okviru tadašnjih nadležnosti i ovlasti Ministarstva pravosuđa u odnosu na vojne sudove... u cijelosti preuzimam na sebe svu odgovornost za rad vojnih sudova te jamčim da tu odgovornost neću prebacivati na Ministarstvo obrane niti bilo koje drugo ministarstvo".
Mišetić je u svom podnesku napisao i da je obrana generala Gotovine očekivala da Šeparovićevo svjedočenje potvrdi da Gotovina nije mogao utjecati na sudove, da su vojni i civilni sudovi normalno funkcionirali i da nije postojao udruženi zločinački pothvat, kao i da nitko nije pokušavao ometati normalno fukncioniranje pravosuđa.