Šeparović, po ocjeni Vijeća navedenoj u odluci o pitanju sukoba interesa, "u predmetu ima osobni interes koji ga diskvalificira kao branitelja", a zbog onog što zna iz vremena koje obuhvaća optužnica u predmetu "Gotovina, Čermak, Markač" Vijeće smatra da je vjerojatno da će Šeparović biti pozvan za svjedoka.
Vijeće je te zaključke u opširnoj odluci obrazložilo među ostalim i time da Šeparovićeva osobna saznanja uključuju i njegove tvrdnje da bivši predsjednik Tuđman nije davao nikakve upute da se ne gone počinitelji kaznenih djela nad srpskim stanovništvom, kao i da je relevantan svjedok za pitanje nadležnosti za rad vojnih sudova. Vijeće je upravo u pitanju da li je za rad tih sudova bilo odgovorno Ministarstvo obrane ili Ministarstvo pravosuđa, odnosno sam Šeparović kao ministar, utvrdilo njegov osobni interes u predmetu.
Pitanje potencijalnog sukoba interesa odvjetnika Šeparovića pojavilo se prošle godine kada se obrana generala Ante Gotovine, protiveći se odluci Haškog suda o spajanju njihova predmeta s predmetom "Čermak i Markač", pozvala na mogući sukob interesa odvjetnika Šeparovića, jer je otvorila mogućnost da branitelja generala Markača pozove za svjedoka obzirom da je on bio, u vremenu kojim se bavi optužnica protiv generala Gotovine, ministar pravosuđa RH.
Žalbeno vijeće Haškog suda, koje je reagiralo na to pitanje, pozvalo je na povlačenje odvjetnika Šeparovića iz predmeta zbog sukoba njegove uloge kao branitelja i potencijalnog svjedoka. Šeparović je pak tvrdio da nije neophodni svjedok i da bi njegovim povlačenjem obrana generala Markača pretrpila "nenadoknadivu štetu". On je odbio sam se povući iz predmeta.
Vijeće je u utorak uputilo upozorenje Šeparoviću da ustrajavanjem u zastupanju Markača ugrožava interese svojeg branitelja i time krši standarde profesionalne etike. Ono ga je pozvalo da u srijedu, na ranije sazvanom predrasrpavnom ročištu, objasni razloge zbog kojih Vijeće ne bi trebalo poduzeti daljnje mjere protiv njega.