On je u petak uhićen u svom stanu u Zagrebu te je nakon ispitivanja u policiji i kod istražnog suca, gdje je odbacio sve optužbe, zadržan u dvodnevnom pritvoru. Zbog lošeg zdravstvenog stanja odveden je u zatvorsku bolnicu, a ne u zatvor u Remetincu.
Tužiteljstvo Zagrebačkog županijskog suda zatražilo je istragu protiv 58-godišnjeg Merčepa zbog ratnog zločina protiv civilnog stanovništva te jednomjesečni pritvor zbog opasnosti od bijega, utjecaja na svjedoke i posebno teških okolnosti počinjenja djela.
Merčepa se tereti da je od 8. listopada do sredine prosinca 1991. kao savjetnik u MUP-u i zapovjednik pričuvne postrojbe MUP-a stacionirane u Pakračkoj poljani i dijelom u paviljonu 22 Zagrebačkog velesajma, gdje se nalazilo skladište, osobno naređivao nezakonita uhićenja, mučenja i ubojstva civila.
Sumnjiči ga se i da je, znajući da njemu podređeni nezakonito uhićuju, pljačkaju, zlostavljaju, muče i ubijaju civile propustio spriječiti i suzbiti te zločine.
Tužiteljstvo tvrdi da su s područja Zagreba te sa šireg područja Kutine i Pakraca ubijene ili nestale 43 osobe, a šest je osoba preživjelo mučenja i zlostavljanja.
Tomislav Merčep, koji je prije tri godine pretrpio moždani udar, u ponedjeljak bi se pred istražnim sucem trebao očitovati o istražnom zahtjevu tužiteljstva.