Nakon klasične gimnazije u Mariboru Mlakar se posvetio plesu. Godine 1928. upisao se na Koreografski institut Rudolfa von Labana. Prvi profesionalni angažman dobio je u Zemaljskom kazalištu u Darmstadtu, a 1929. djeluje kao solist, koreograf, baletni majstor i voditelj baleta u Friedrichow kazalištu u Dessauu.
Sljedeće tri godine djelovao je u Parizu kao baletni majstor, koreograf i prvak baleta u Theatre des Champs-Elysees. Zatim je sa svojom suprugom Pijom Mlakar, koja je preminula 2000., dugo godina bio angažiran u Bavarskoj državnoj operi u Muenchenu kao koreograf i baletni prvak, a od 1946. kao profesor predaje baletnu umjetnost na Akademiji za kazalište, radio, film i televiziju u Ljubljani. Na Prvom koreografskom natjecanju u Parizu 1932. za koreografiju baleta "Srednjovjekovna ljubav", na Vivaldijevu i Bachovu glazbu, dobiva brončanu medalju. Istodobno vrlo uspješno nastavlja koreografsku djelatnost u ljubljanskom i zagrebačkom Baletu i Operi. Njegov baletni repertoar, samostalan ili u suradnji sa suprugom, takoder slavnom baletnom umjetnicom, postavljan na pozornicama Muenchena, Zuericha, Zagreba, Beograda, Ljubljane i drugih gradova, vrlo je opsežan i raznolik te seže od Mozarta i Beethovena do Stravinskoga i Einema. Posebnu su pak slavu tom uglednom umjetničkom paru Pinu i Piji Mlakar donijela tri baleta koje su stvorili u suradnji sa skladateljem Franom Lhotkom, na prvom mjestu popularni "Đavo u selu", postavljen na mnogim pozornicama zemlje i inozemstva.
Mlakarovo stvaralaštvo obuhvaća oko 50 baleta, od kojih je više od 40 izvedeno na svjetskim baletnim pozornicama.
Pino Mlakar obratio se zadnji put zagrebačkoj publici 2002., kad je u 95. godini, unatoč krhku zdravlju, nazočio obnovi baleta "Đavo u selu".
Sljedeće, 2007., zagrebački će Balet obilježiti 70. obljetnicu gotovo neprekinuta izvođenja toga baletnog djela na pozornici Hrvatskoga narodnog kazališta u Zagrebu.