Povijesna komisija bavi se odnosima dvaju naroda od sredine 19. stoljeća do stvaranja njihovih nezavisnih država. Kako je za Slovensku tiskovnu agenciju STA izjavio Janko Prunk, predsjedatelj slovenskog dijela povjerenstva, slovenski dio komisije već je pripremio svoje izvješće o slovensko-hrvatskim odnosima na oko 100 stranica i vjerojatno će ga objaviti samostalno ako hrvatski dio komisije uskoro ne dovrši svoj dio izvješća.
Komisija u kojoj sudjeluje 14 slovenskih i hrvatskih povjesničara bi objavom zajedničkog izvješća zaključila svoj mandat što su ga prije dvije godine dobili na zajedničkom sastanku dviju vlada na Brijunima.
Ideja o formiranju takve komisije došla je tada na inicijativu slovenske strane kako bi se neka pitanja, pa i granična o kojima je bilo mnogo govora, s političkog terena prebacila na znanstveni plan i tako rasteretila neke aspekte međudržavnih odnosa.
Osvjetljavanje epizoda iz prošlosti u kojoj su Slovenci i Hrvati živjeli u istim državno-pravnim okvirima pokazuje da u tim odnosima nije bilo dramatičnih konflikata, a slaganje o tome povjesničari s obje strane iznijeli su na više sastanaka komisije.
Predsjedatelj slovenskog dijela komisije Janko Prunk najavio je da je Slovenija spremna samostalno objaviti izvješće na oko 100 stranica, što su ga već napisali slovenski povjesničari, ukoliko hrvatski dio komisije ne završi svoj rad uskoro.
Slične komisije poput ove u vrijeme svog približavanja Europskoj uniji Slovenija je formirala s Italijom i Austrijom radi rasterećenja političkih odnosa u vrijeme kad su te zemlje neka bilateralna pitanja stavljala u okvir slovenskih pristupnih pregovora,
Mišljenja kako je njihov rad i u kolikoj mjeri utjecao na proces "političke relaksacije" odnosa ili ubrzao rješenje problema s Rimom i Bečom, razlikuju se i u samoj Sloveniji.
Povijesno-kulturna komisija koju su 1994. godine formirale slovenska i talijanska vlada završila je svoj rad 2000. godine izradom zajedničkog kompromisnog teksta o talijansko-slovenskim odnosima od sredine 19. stoljeća pa do 1956. godine, koji nisu bili bez konflikata, ali nije došlo do njegova zajedničkog objavljivanja.
U Ljubljani je tekst i službeno potvrđen pa se i prilikom ovogodišnjeg obnavljanja polemike oko fojbi talijansku vladu pozivalo da ga objavi kao objektivan prikaz povijesnih odnosa u konfliktnom dvadesetom stoljeću.
Isto tako nije došlo niti do zajedničkog objavljivanja rada mješovite slovensko-austrijske povijesne komisije koja je započela rad u vrijeme pristupnih pregovora Slovenije i EU. Naime, objavila ga je ponovo samo slovenska strana.