Obrana generala Makrača zatražila je 20. ožujka privremeno ukidanje odluke o Šeparovićevu isključenju iz predmeta do donošenja odluke Žalbenog vijeća o njihovoj žalbi kako se ne bi stvorile proceduralne prepreke Šeparovićevu podnošenju te žalbe obzirom da mu je raspravno vijeće isključenjem iz predmeta uskratilo pravo pojavljivanja pred sudom. Također, pozvali su se na pravni princip da odluka vijeća, dok traje žalbeni postupak, nije pravomoćna.
Samu žalbu, kako na isključenje iz predmeta tako i na činjenicu da je raspravno vijeće utvrdilo da je Šeparović u sukobu interesa, obrana je podnijela istog dana - 20. ožujka.
U njoj je ponovila kako i dalje smatra da Šeparović nije u sukobu interesa, ali i da pravila Haškog suda, u slučaju da Žalbeno vijeće utvrdi da jeste, predviđaju mogućnosti da optuženi zadrži odvjetnika po svom izboru.
Raspravno vijeće Haškog suda 6. je ožujka isključilo Šeparovića iz predmeta "Gotovina, Čermak i Markač" nakon što je tjedan dana prije toga zaključilo da je Šeparović u sukobu interesa po dvije osnove - prije svega zato što ima osobni interes u predmetu da se zaštiti kao bivši ministar pravosuđa čije ministarstvo može biti potencijalno odgovorno za propuste, ali i zbog toga što ga je obrana generala Ante Gotovine označila nužnim svjedokom za pitanje funkcioniranja vojnih sudova.
Žalbi upućenoj Žalbenom vijeću obrana generala Markača priložila je i stajalište branitelja generala Ivana Čermaka koji Šeparovića ne smatraju nužnim svjedokom jer se sadržaj njegova svjedočenja može pribaviti iz drugih izvora te da ga ne namjeravaju pozvati za svjedoka.