Raspravno vijeće Haškog suda 6. je ožujka isključilo Šeparovića iz predmeta ocijenivši da je u sukobu interesa po dva osnova - prije svega zato što ima osobni interes u predmetu da se zaštiti kao bivši ministar pravosuđa čije ministarstvo može biti potencijalno odgovorno za propuste, ali i zbog toga što ga je obrana generala Ante Gotovine označila neophodnim svjedokom po pitanju funkcioniranja vojnih sudova.
Šeparović je u zahtjevu, podnesenom 12. ožujka, podsjetio kako i dalje smatra da nije u sukobu interesa.
Što se tiče zaključka Vijeća da je "neophodni svjedok" o vojnim sudovima Šeparović je napisao da primjerice bivši predsjednik splitskog vojnog suda Zoran Matulović, kojeg je Gotovinin branitelj Mišetić intervjuirao prije posljednjeg ročišta u Haagu, može o tom pitanju relevantno svjedočiti.
"Gospodin Mišetić, branitelj generala Gotovine bio je više nego svjestan Matulovićevih saznanja kad ga je intervjuirao u Splitu prije ročišta 28. veljače 2007. Bez obzira na to gospodin Mišetić nije izvijestio sudsko vijeće o svojim saznanjima i tako eliminirao atribut neophodnog svjedoka" za Šeparovića, navodi se u podnesku kojem je priložena i izjava Matulovića o ingerencijama ministarstva pravosuđa u odnosu na vojne sudove te o razgovoru s odvjetnikom Mišetićem kojem je dao načelni pristanak da bude svjedok na te okolnosti.
Šeparović nadalje tvrdi da suci nisu pravno testirali tezu da je on neophodni svjedok prije nego su donijeli takav zaključak. Kao druge moguće svjedoke o funkcioniranju sudova navodi i bivšeg predsjednika Vrhovnog suda, bivšeg državnog odvjetnika, zamjenika ministra pravosuđa i brojne druge pravosudne dužnosnike. Podnesku su priloženi i prijevodi "Zakona o sudovima" iz 1993., te "Uredbe o organizaciji, radu i djelokrugu sudbene vlasti u slučaju ratnog stanja ili neposredne ugroženosti neovisnosti i jedinstvenosti RH".
Što se tiče zaključka Vijeća da je u sukobu interesa "iz osobnih razloga" Šeparović navodi da se radi o neutemeljenoj spekulaciji da bi kao bivši ministar pravosuđa mogao biti odgovoran za nezakonitosti navedene u optužnici "Gotovina, Čermak, Markač" i stoga imao motiv da preusmjeri odgovornost za propuste vojnih sudova na Ministarstvo obrane.
"Treba jasno istaknuti da ta dilema nema utemeljenja u stvarnosti zato što nijedno ministarstvo temeljem Ustava i zakona nije bilo odgovorno za vojne ili bilo koje druge sudove". Odgovornost i kontrola bili su u rukama Vrhovnog suda, navodi Šeparović te objašnjava da ni ministar pravosuđa a ni ministar obrane nisu imali pravne ili stvarne ovlasti da interveniraju i kontroliraju rad sudova u Hrvatskoj, vojnih ili civilnih.
Podnesku je priložena i izjava Državnog odvjetništva da protiv Šeparovića nije vođen nikakav istražni postupak u vezi akcije "Oluja".
Na kraju Šeparović podsjeća da je činjenica da je on bio ministar pravosuđa bila poznata i Haškom sudu i haškoj odvjetničkoj komori odavno jer je to naveo u svom životopisu prilikom postupka akreditacije na Haškom sudu te da ta činjenica nije predstavljala nikakvu zapreku njegovoj registraciji kao haškog branitelja.
Podnesku je priložena nova izjava generala Markača od 8. ožujka u kojoj on ustrajava na tome da ga Šeparović i dalje zastupa te poručuje da, unatoč suprotnom zaključku Vijeća, drži da isključivanje Šeparovića nije u njegovu interesu i da je odluka Suda prema njemu nepravedna i nezakonita.
Napominje da je kontaktirao nekoliko odvjetnika koji su svi odbili zastupanje zbog kratkoće vremena i navodi da se cijeli slučaj odrazio na njegovo zdravstveno stanje.
"Osjećam se iznemoglo i nisam sposoban ispočetka ponoviti sve pripremne radnje u vezi moje obrane s nekom drugom osobom".
U očitovanju najavljuje da će se, ukoliko ne uspije naći novog branitelja, braniti sam.