Milan Pekić jedan je od 15-ero osoba protiv kojih je Županijsko državno odvjetništvo u Sisku 14. prosinca 2006. predalo istražni zahtjev zbog osnovane sumnje da su od 18. do 21. listopada ratne 1991. godine počinili ratni zločin nad 56 hrvatskih civila iz Hrvatske Dubice, Cerovaljana i Baćina. Uhićen je na graničnom prijelazu s Bosnom i Hercegovinom u Hrvatskoj Dubici, 4. veljače, u 15,25 sati, na temelju tjeralice koju je za njim raspisao Županijski sud u Sisku.
U Baćinu su pripadnici srpske paravojske 21. listopada 1991. ubili 76 hrvatskih civila, od kojih su iz masovne grobnice na tom mjestu, poslije "Oluje", ekshumirani posmrtni ostaci 56 osoba. Ostali ubijeni hrvatski civili bačeni su u Unu i tijela im nisu pronađena. Od 56 posmrtnih ostataka 36 je identificirano. Dvadeset ubijenih ostalo je neidentificirano, te su njihovi posmrtni ostaci pokopani u zajedničku grobnicu u Hrvatskoj Dubici 10. svibnja 1997.
Televizijsku rekonstrukciju ratnog zločina u Baćinu prikazala je Nova TV u emisiji "Istraga", emitiranoj 26. listopada 2006. Tada su prvi put javno prikazani događaji koji su prethodili, nakon Ovčare, drugom po broju žrtava zločinu nad hrvatskim civilima u Domovinskom ratu, a objavljena su i imena većine počinitelja. Masovne scene događaja na području H. Dubice i Baćina iz listopada 1991., ekipa "Istrage" snimila je 16. i 17. rujna 2006.
Nakon te emisije Županijsko državno odvjetništvo u Sisku 27. listopada 2006. priopćilo je da je 28. studenoga 1994. zaprimilo kaznenu prijavu Policijske uprave sisačko-moslavačke protiv devet osoba zbog osnovane sumnje u ratni zločin nad civilima u Baćinu, a 14. prosinca 2006. Županijsko državno odvjetništvo u Sisku predalo je istražni zahtjev protiv 15 osoba zbog tog ratnog zločina.
Zamjenik glavnog državnog odvjetnika Republike Hrvatske Antun Kvakan na konferenciji za novinare u Županijskom državnom odvjetništvu u Sisku 14. prosinca 2006. izjavio je "da tv emisija 'Istraga' Nove TV nije ni pomogla, niti odmogla u kriminalističkoj obradi tog predmeta, jer je kriminalistička obrada bila pred završetkom".