U optužnici se navodi da je Alić, u svojstvu pomoćnika zapovjednika za sigurnost bataljuna "Hamze" koji je djelovao u sklopu Petog korpusa Armije BiH, za vrijeme oružanih sukoba na teritoriju BiH i Republike Hrvatske, postupio suprotno odredbama Ženevske konvencije. Optuženi je, prema navodima optužnice, između ostalog, sudjelovao u fizičkom i psihičkom zlostavljanju ratnih zarobljenika, poticao njihova ubojstva, te propuštao poduzeti mjere kažnjavanja počinitelja.
Prema navodima optužnice, Alić je u kolovozu 1995. godine, zajedno s ostalim pripadnicima bataljuna "Hamze" sudjelovao u vojno- redarstvenoj akciji "Oluja" tijekom koje su zarobljena četiri pripadnika vojske srpske krajine na teritoriju Hrvatske. Kako se navodi u optužnici, Alić je sudjelovao u fizičkom i psihičkom zlostavljanju tih osoba koje su, po navodima optužnice, likvidirali vojnici nad kojima je optuženi Alić imao efektivnu kontrolu.
Optužnica također navodi da je nakon ubojstva zarobljenika optuženi Alić propustio o tomu izvijestiti svoje nadređene ili poduzeti bilo kakve mjere kako bi se počinitelji ispitali i kaznili, stoji u priopćenju.