Tom su presudom njih dvojica u odsutnosti bili osuđeni za ratni zločin počinjen nad civilnim pučanstvom: Pupovac je bio osuđen na deset, a Bota na 20 godina zatvora.
Vrhovni sud je uvažio prigovore branitelja na presudu, a ključni prigovor odnosio se na "bitan propust u sudskom postupku".
Vrhovni sud utvrdio je da su ta dvojica okrivljenika 1992. godine bila procesuirana i pred pravosuđem tzv. republike srpske krajine u Kninu, istodobno kada su procesuirani i pred pravosuđem Republike Hrvatske u Zadru. Oba postupka vodila su se protiv obojice, no s različitim činjeničnim opisom i pravnim kvalifikacijama djela.
Bitan je propust, po rješenju Vrhovnog suda, što je Županijski sud u Zadru trebao pozvati državnog odvjetnika kako bi se radnje provedene u okružnom sudu u Kninu protiv te dvojice uskladile s propisima RH, na samom suđenju. Bilo je potrebno uskladiti optužnice po Zakonu o konvalidaciji.
Kako to nije učinjeno, Vrhovni sud je ukinuo presudu i postupak vratio na ponovno odlučivanje.
Predsjednik Županijskog suda u Zadru Antun Klišmanić kaže da će Županijski sud postupiti po tom rješenju, tj. ponoviti suđenje. Po njegovim riječima, riječ je o propustu formalne naravi i Rješenje Vrhovnog suda ne dovodi u pitanje činjenični opis djela, za koje su Pupovac i Bota osuđeni.
Nadležni državni odvjetnik u ponovljenom će postupku uskladiti optužnice, onu iz Knina s optužnicom iz Zadra.
Predsjednik Županijskog suda Klišmanić navodi da su Pupovac i Bota 1992. godine u Kninu bili procesuirani i optuženi za ubojstvo i razbojstvo, dok su istodobno pred pravosuđem RH bili optuženi za ratni zločin nad civilnim pučanstvom.
S obzirom na te različite kvalifikacije, državni odvjetnik se tijekom provedenog postupka trebao izjasniti o kvalifikacijama Okružnog suda u Kninu, odnosno potvrditi da su one uključene u kvalifikacije hrvatskoga pravosuđa. Formalno-pravno gledajući, kazneno djelo ubojstva je sadržano u kaznenom djelu ratnog zločina, ali kazneno djelo ratnog zločina ne mora biti sadržano u kaznenom djelu ubojstva. Očito je, kaže Klišmanić, da kninsko pravosuđe to djelo nije kvalificiralo kao ratni zločin.
Momir Pupovac i Branko Bota bili su u odsutnosti na Županijskom sudu u Zadru osuđeni za ratni zločin nad civilnim pučanstvom, a u optužnici se navodi da su 26. travnja 1992. u Perušiću kod Benkovca počinili pljačku obiteljske kuće hrvatskih civila Peke i Ante Zrilića. Nakon pljačke su se udaljili, a nakon kraćeg vremena se vratili te ubili Peku Zrilić, dok se njezin suprug Ante uspio sakriti.
Presuda koju je sada Vrhovni sud ukinuo, potječe iz 2003. godine.