Po odluci Vlade iz 2001., radi objektivnog pristupa Domovinskom ratu, pokrenuto je znanstveno istraživanje, a Institut je određen za nositelja projekta.
Na projektu "Stvaranje Republike Hrvatske i Domovinski rat 1991.-1995.-1998.", pod vodstvom Zdenka Radelića, od 2002. do 2005. radilo je pet znanstvenih novaka, asistenata i viših asistenata te dva znanstvena suradnika.
Oni su istražili veliku količinu gradiva, bilježili usmena svjedočanstva, sudjelovali na stručnim i znanstvenim skupovima te surađivali kao povjesničari-eksperti u procesima Haškog suda za bivšu Jugoslaviju. Objavili su tri knjige o Domovinskom ratu i brojne znanstvene radove.
Nakon tri godine rada i znanstvenih istraživanja o Domovinskom ratu ostalo je još teškoća i neodgovorenih pitanja, zbog čega bi se taj projekt trebao nastaviti te ojačati mladim istraživačima i vanjskim suradnicima, rekao je Milan Kruhek, ravnatelj Hrvatskog instituta za povijest.
U vremenu suvremenih medija koji imaju moć brzog prijenosa svih, pa i lažnih informacija, povjesničari nemaju vremena čekati na povijesnu distancu, ali imaju obvezu ne šutjeti dok neki ispisuju svoju povijest, istaknuo je.
Kruhek drži da hrvatski povjesničari moraju pisati o našoj povijesti i ulozi Domovinskog rata, kao i napisati knjigu o Haškom sudu.
Zdenko Radelić govorio je o raspadu Jugoslavije i poziciji Hrvatske u njoj. Ocijenio je da su isti razlozi koji su doveli do stvaranja Jugoslavije bili razlogom njezina raspada. Svaki pokušaj jugoslavenskih vlasti da planski provede nacionalno jedinstvo poticao je nacionalni otpor, željeli su jačati državu, a samo su je slabili, rekao je.
Radelić smatra da će biti zanimljivo vidjeti na koji će se način ostvarivati osobne slobode nacija u demokratskom sustavu, u procesima ulaska u EU.
Teme izlaganja na jednodnevnom kolokviju, uz ine, su uloga Memorijalnog centra Domovinskog rata, hrvatsko ratište 1990.-1995., srpska pobuna u Hrvatskoj, hrvatska vanjska politika do 1998., pokušaj utemeljenja "Republike Dubrovnik" te problematika istraživanja ljudskih gubitaka Hrvatske i posljedice rata.