Nakon što je stupio na hrvatsko tlo u popodnevnim satima u zagrebačkoj zračnoj luci "Pleso", Sveti je Otac poljubio hrvatsku zemlju, a na hrvatskim crkvama zazvonila su zvona. Slijedilo je pozdravljanje s prvim predsjednikom Republike Hrvatske Franjom Tuđmanom i tadašnjim zagrebačkim nadbiskupom kardinalom Franjom Kuharićem, intoniranje papinske i hrvatske himne, a zatim govori te odlazak papamobilom prema središtu Zagreba - zagrebačkoj katedrali, gdje ga je dočekalo mnoštvo građana, koje je on pozdravio riječima "Hvaljen Isus i Marija". Nakon svečane večernje mise, Papa je posjetio grob kardinala Alojzija Stepinca, što je izazvalo veliko oduševljenje.
Sveti je Otac 11. rujna pred oko milijun okupljenih vjernika na zagrebačkom Hipodromu predvodio euharistijsko slavlje u povodu središnje proslave 900. obljetnice Zagrebačke nadbiskupije.
Vrhovnog poglavara Katoličke crkve dočekalo je mnoštvo vjernika, među kojima su bili i tada brojni prognanici, Hrvati iz susjednih država i oni iz udaljenijih dijelova svijeta, kao i hodočasnici iz susjednih zemalja.
Papa je za prvog posjeta Hrvatskoj svečano otvorio i blagoslovio zgradu apostolske nuncijature na zagrebačkom Ksaveru, a prigodom ispraćaja u zagrebačkoj zračnoj luci obratio se dužnosnicima i narodu kraćim govorom na hrvatskom jeziku.
Ivan Pavao II. po drugi je put posjetio Hrvatsku 2., 3. i 4. listopada 1998. Po dolasku u Zagreb posjetio je zagrebačku katedralu gdje ga je dočekalo mnoštvo vjernika predvođeno zagrebačkim nadbiskupom Josipom Bozanićem. Sveti Otac sastao se tada s prvim hrvatskim predsjednikom Franjom Tuđmanom. Glavni događaj toga posjeta bilo je 3. listopada proglašenje blaženim kardinala Alojzija Stepinca na svečanom misnom slavlju u Mariji Bistrici pred oko 500 tisuća vjernika. Trećeg dana Sveti Otac otputovao je u Split.
U prigodi 1700. obljetnice grada Splita Ivan Pavao II. održao je 4. listopada svečano euharistijsko slavlje na splitskom Žnjanu pred oko pola milijuna vjernika. Tada se i na Gospinu Otoku u Solinu sastao s mladima te otputovao u Rim.
Treći pastoralni posjet pape Ivana Pavla II. Republici Hrvatskoj počeo je 5. lipnja 2003. u zračnoj luki na otoku Krku. Uz crkvene predstavnike, na čelu sa zagrebačkim nadbiskupom Josipom Bozanićem, Papu su dočekali i predstavnici državnih vlasti - predsjednik RH Stjepan Mesić, predsjednik Sabora Zlatko Tomčić i predsjednik Vlade Ivica Račan. To je bilo stoto jubilarno Papino putovanje izvan Italije. Sveti Otac tom je prigodom očitovao želju da se uspješno ostvari težnja Hrvatske za ulazak u veliku obitelj europskih naroda, jer će bogata baština Hrvatske sigurno pridonijeti učvršćenju Unije, bilo kao upravne i teritorijalne cjeline, bilo pak kao kulturne i duhovne stvarnosti.
Za petodnevnoga boravka u Hrvatskoj Papa je bio smješten u Nadbiskupijskom sjemeništu u Rijeci odakle je posjetio Dubrovnik, Osijek, Đakovo i Zadar.
Sveti Otac održao je 6. lipnja u Dubrovniku svečano euharistijsko slavlje na kojemu je blaženom proglasio sestru Mariju od Propetoga Isusa Petković, rodom iz Blata na otoku Korčuli, koja je siromaštvo i poniznost učinila najvećom životnom vrijednošću. Sveti Otac je u papamobilu, praćen brojnim vjernicima, prošao Stradunom i zadržao se pred crkvom sv. Vlaha.
Treći dan posjeta, 7. lipnja, Sveti Otac je u zračnoj luci u Čepinu pred više od 220 tisuća vjernika održao svečano euharistijsko slavlje te primio predstavnike vjerskih zajednica u Hrvatskoj. Tom je prigodom posjetio i Strossmayerovu katedralu u Đakovu.
Četvrtoga dana svog boravka u Hrvatskoj, na blagdan Duhova, 8. lipnja, Sveti Otac je u Rijeci na Delti pred mnoštvom od preko pola milijuna vjernika predvodio misu. Poslije podne posjetio je marijansko svetište na Trsatu poklonivši se pred likom Trsatske Gospe. Papa je nakon Trsata posjetio i riječku katedralu sv. Vida.
Petoga dana, 9. lipnja, Papa je iz Rijeke otputovao u Zadar. Tamo je pred velikim vjerničkim mnoštvom na zadarskom Forumu održao propovijed na molitvi Šestoga časa.
Napuštajući Zadar u ranim popodnevnim satima, Sveti Otac blagoslovio je hrvatski narod riječima: "Pozdravljam te, ljubljeni hrvatski puče! Hvala i tebi, mladeži hrvatska. Neka te Bog blagoslovi, zemljo hrvatska! Bog te blagoslovio! Neka Bog nastavi blagoslivljati i štititi Hrvatsku! Ona će uvijek imati povlašteno mjesto u mojoj ljubavi i u mojoj molitvi!"
Papa Ivan Pavao II. prvi je put 9. i 10. travnja 1997. posjetio Sarajevo. To putovanje značilo je veliko ohrabrenje hrvatskim vjernicima nakon rata u Bosni i Hercegovini. Unatoč lošim vremenskim uvjetima Papa je pred pola milijuna vjernika održao svečanu euharistiju na stadionu Koševo.
Papin posjet BiH izazvao je veliko medijsko zanimanje svjetske javnosti, a Sveti Otac sastao se u Sarajevu s vjerskim predstavnicima muslimana, židova i Srba. Tom ih je prigodom ohrabrivao za budući suživot na prostoru BiH.
Sveti je Otac u drugi pastoralni pohod BiH došao 22. lipnja 2003. u Banju Luku, gdje je proglasio blaženim Ivana Merza, koji je rođen u tom gradu. Predvodio je misu na Boričevcu - franjevačkom samostanu. Na misi se okupilo 50 tisuća vjernika. Nakon euharistijskoga slavlja u biskupskom ordinarijatu u Banjoj Luci, Papa se susreo s predstavnicima vlasti Republike Srpske i Federacije BiH. Primio je i predstavnike drugih vjerskih zajednica - pravoslavce, muslimane i židove. Papa je posjetio i banjolučku katedralu u kojoj su relikvije blaženoga Ivana Merza.
Tamošnjim narodima poručio je da ih ne napadne malodušnost, da učine sve kako bi BiH ponovno postala zemljom pomirbe, susreta i mira. "Budućnost ovih krajeva ovisi i o vama. Ne tražite drugdje udobnije život, ne bježite od svoje odgovornosti čekajući da vam netko drugi riješi teškoće, nego zlo odlučno priječite snagom dobra", poručio je tada Papa.