Puno različitih strana je bilo uključeno u složeni proces provedbe, rekao je Rutte za nizozemsku novinsku agenciju ANP.
"Mogli bi proći mjeseci prije nalaženja rješenja", kazao je on.
Na referendumu održanom u srijedu 61 posto birača je odbacilo sporazum o pridruženom članstvu Ukrajine u EU-u, dok ga je podržalo samo 38 posto.
Odaziv je bio 32 posto, samo malo viši od potrebnih 30 posto da bi referendum bio važeći.
Iako referendum nije obvezujući, vlada će ga smatrati savjetodavnim.
Rutte je rekao da će nizozemski parlament morati razmotriti mišljenje ljudi koji su glasovali protiv sporazuma kada idućeg tjedna dođe na dnevni red to pitanje.
Stručnjaci očekuju da će veliki dio sporazuma između Ukrajine i EU-a biti proveden bez Nizozemske. Međutim, promjene sporazuma mogu se donijeti i kasnije, rekao je povjerenik EU-a Guenther Oettinger.
Sveobuhvatni politički, trgovinski i obrambeni sporazum o pridruženom članstvu EU-Ukrajina privremeno se primjenjuje od siječnja, no moraju ga ratificirati sve države članice EU-a u cjelosti kako bi imao punu pravnu snagu. Nizozemska je jedina država članica koja to još nije učinila.
Ukrajinski predsjednik Petro Porešnko u četvrtak je izjavio da je rezultat nizozemskog referenduma "napad na jedinstvo Europe", dok dužnosnici EU-a tvrde da se njihov pristup Kijevu neće promijeniti.