Plan se provodi koordinirano s Općim planom sanacije poplavljenih područja, a aktivnosti prije povlačenja vode obuhvaćaju zbrinjavanje živih životinja, zbrinjavanje njihovih lešina i organizirano neškodljivo uništavanje.
Također, u naseljima koja graniče s poplavljenim područjima provodit će se deratizacija zbog migracije glodavaca s poplavljenih na nepoplavljena područja, te označavanje i cijepljenje svih premještenih ili udomljenih pasa za koje nisu dostupni identifikacijski podaci te utvrđivanje podataka o njihovim vlasnicima.
Nakon povlačenja vode s poplavnih područja, planom je predviđeno čišćenje, pranje i dezinfekcija štala i popratnih objekata za spremanje hrane za životinje te jama gnojnica.
Uz to, planirano je i čišćenje, pranje i dezinfekcija vodoopskrbnih objekata te deratizacija objekata i nastambi za prihvat životinja. Nakon povratka životinja u objekte za njihov smještaj, veterinarske službe obavljat će kontinuirani nadzor zdravstvenog statusa životinja, provodit će mjere zaštite zdravlja od zaraznih i nametničkih bolesti te kontinuiranu deratizaciju.
Ministarstvo poljoprivrede sastavilo je i popis ovlaštenih veterinarskih organizacija koje imaju valjano rješenje za provođenje deratizacije, dezinsekcije i dezinfekcije u Vukovarsko-srijemskoj, Brodsko-posavskoj, Požeško-slavonskoj i Osječko-baranjskoj županiji.
Napravljen je i popis veterinarskih organizacija u ugroženom i rubnim područjima koje provode mjere zštite zdravlja životinja na terenu.