Nakon što je mjesecima izložen medijskim napadima u kojima ga se povezivalo s krijumčarenjem oružja, sponzoriranjem dolaska mudžahedina u BiH tijekom rata ali i za ratne zločine, Mehmedović je odlučio odgovoriti na konferenciji za novinstvo u Sarajevu ustvrdivši kako je izložen "organiziranoj, osmišljenoj i perfidnoj kampanji".
"Nemam nikakve veze ni sa čim za što me optužuju", izjavio je Mehmedović koji je i član stranačkog vrha SDA.
Tijekom rata u BiH Mehmedović je 1992. i 1993. godine bio zapovjednik policijske postaje u Tešnju, a nakon toga i ministar unutarnjih poslova Zeničko-dobojske županije te je slovio za moćnog čovjeka SDA u tom dijelu BiH. Zbog te ga se činjenice u medijima povezalo s otkrićem velike količine skrivenog oružja u Tešnju tijekom ljeta i u listopadu.
Pripadnici državne agencije za istrage i zaštitu BiH (SIPA) su u lipnju tamo pronašli podzemno skladište s nekoliko stotina projektila za ručne raketne bacače, a krajem listopada pronađeno je još oko 600 granata za bestrzajni top. Svo to streljivo bilo je švedske i iranske proizvodnje, a prvi nalazi govore kako je riječ o projektilima i granatama proizvedenim prije više desetljeća.
Za sada nije jasno je li ono uskladišteno tijekom rata i potom zaboravljeno ili je riječ o streljivu koje je trebalo biti prokrijumčareno iz BiH. Za sada još nitko za to nije službeno osumnjičen.
Mehmedovića je međutim u srpnju privodila SIPA pod sumnjom da je umiješan u ratne zločine, a taj je slučaj izazvao pravi skandal jer je utvrđeno da je policija privela tog parlamentarnog zastupnika iako za to nije dobila suglasnost Tužiteljstva BiH.
"SIPA je prikupila dokaze da su pripadnici policijske postaje u Tešnju po zapovijedi tadašnjeg načelnika, odnosno uhićenog, lišavali slobode i zatvarali civile srpske nacionalnosti. Oni su ispitivani uz psihičko i fizičko nasilje. Neki su tjerani na priznavanja na osnovi čega su osuđeni na kazne i do 12 godina zatvora", izjavila je po uhićenju glasnogovornica SIPA-e Kristina Jozić.
Mehmedović je pušten nakon nekoliko sati, a do danas protiv njega nije podignuta nikakva optužnica. O okolnostima uhićenja pokrenuta je i parlamentarna istraga no ni ona do sada nije dala nikakve rezultate.
Mehmedović sada tvrdi kako je izložen napadima čiji je cilj zatrašiti i ukloniti političke neistomišljenike. Pri tom je spomenuo sadašnjeg ministra civilnih poslova BiH Sredoja Novića i ravnatelja SIPA-e Gorana Zubca, dvojicu dužnosnika koji se smatraju bliskima predsjedniku Saveza nezavisnih socijaldemokrata (SNSD) Miloradu Dodiku pa Mehmedović time, čini se, aludira na nastojanja SNSD-a da koristeći utjecaj u pravosuđu i policiji oslabi SDA.
Ustvrdio je kako je cilj ovih afera skrenuti pozornost s otkrića masovne grobnice Tomašica kod Prijedora gdje su do sada ekshumirani posmrtni ostaci više od 400 žrtava hrvatske i bošnjačke nacionalnosti. Mehmedović tvrdi kako nakon otkrića te grobnice više ništa u BiH neće biti isto, jer će se dokazati da su na području Prijedora počinjeni zločini koji su po svom karakteru jednaki onima u Srebrenici.
Potpredsjednik SDA Asim Sarajlić izjavio je kako je stranački vrh čvrst u potpori Mehmedoviću. "Mi čvrsto stojimo iza Šemsudina Mehmedovića i očekujemo da pravosudna tijela rade svoj posao a da se ne bave montiranim optužnicama", kazao je novinarima Sarajlić.