Glasnogovornica ICTY-ija Magdalena Spalinska kazala je na redovitoj konferenciji za novinare Haškoga suda kako se Stanišić i Simatović, koji su na privremenoj slobodi od srpnja, moraju vratiti u pritvor do 24. siječnja.
Na suđenju koje je započelo 29. lipnja 2009. tužitelji su izveli 62 svjedoka a obrana 33 svjedoka.
Tužiteljstvo tereti Stanišića i Simatovića da su sudjelovali u udruženom zločinačkom pothvatu kojemu je cilj bio uklanjanje većine nesrba iz velikih dijelova Hrvatske te BiH od 1991. do 1995. radi pripajanja tih teritorija Srbiji i stvaranja velike Srbije.
U tom pothvatu bili su uz dvojicu optuženih, bivši jugoslavenski predsjednik Slobodan Milošević te vođe bosanskih i hrvatskih Srba Ratko Mladić, Radovan Karadžić, Biljana Plavšić, Milan Martić, Goran Hadžić i Milan Babić, vođa srpskih radikala Vojislav Šešelj i zapovjednik paravojnih postrojbi Željko Ražnatović Arkan.
Tužitelji smatraju da je SDB imala ključnu ulogu u ratu u Hrvatskoj i BiH a da su Stanišić i Simatović kao dvije visoko rangirane osobe u SDB-u naredili, organizirali, obučili i opremili jedinice SDB-a koje su počinile zločine ubojstava, progona i deportacija Hrvata, Muslimana i drugog nesprskog stanovništva u Hrvatskoj i BiH kao i da su imali kontrolu nad drugim paravojnim jedinicama.
Među tim jedinicama su i "Crvene beretke", "Škorpioni", Arkanovi "Tigrovi", "Knindže", pripadnici Martićeve policije, kao i milicija tzv. SAO Slavonije, Baranje i zapadnog Srijema.
Optužnica u pet točaka tereti Stanišića i Simatovića za zločine protiv čovječnosti i povrede ratnog prava i običaja počinjene na području Hrvatske i BiH progonom, ubojstvima, deportacijama i drugim nečovječnim djelima.
Dvojica optuženih su, kako se navodi u optužnici, pomogla da se otvori centar za obuku paravojnih jedinica u Golubiću kod Knina, a kasnije i drugi centri za obuku po Hrvatskoj i BiH. Prema optužnici oni su "rukovodili financiranjem, obukom, logističkom podrškom i drugim vrstama velike pomoći i podrške specijalnim jedinicama državne sigurnosti Republike Srbije i drugim srpskim snagama koje su sudjelovale u zločinima u Hrvatskoj i BiH".
Među zločinima koji su počinjeni na području Hrvatske nad civilima i zarobljenicima optužnica navodi niz ubojstava počinjenih tijekom 1991. na području Dubice, Cerovljana, Baćina, Saborskog, Škabrnje, Bruške, Dalja i Erduta te od 1992. do 1995. u Bijeljini, Zvorniku, Bosanskom Šamcu, Doboju i Sanskom Mostu.
Naknadnim proširenjem optužnice u ožujku 2006. njih se dvojicu dodatno tereti za likvidaciju šestorice Bošnjaka iz Srebrenice koje su 1995. počinili "Škorpioni" koji su svoje zlodjelo zabilježila video-kamerom.
Obojica su uhićena u policijskoj operaciji "Sablja" u ožujku 2003., poslije atentata na srbijanskog premijera Zorana Đinđića.