UN-ova misija u Južnom Sudanu, UNMISS, osnovana je nakon što se Južni Sudan u srpnju 2011. odvojio od Sudana, šest mjeseci nakon referenduma dogovorenog mirovnim planom 2005. koji je okončao dugogodišnji građanski rat u kojem je poginulo dva milijuna ljudi.
Dvije države spore se oko granice, oko toga koliko bi jug trebao plaćati za transport svoje nafte preko Sudana i oko podjele nacionalnog duga.