HRM je ustrojen 12. rujna 1991. odlukom prvog hrvatskog predsjednika dr. Franje Tuđmana u razdoblju kad Hrvatska nije bila međunarodno priznata i kad su njezine otoke i priobalje blokirala neprijateljska plovila Jugoslovenske ratne mornarice (JRM). U tim neizvjesnim vremenima HRM je imala značajnu ulogu u obrani domovine i uspostavi nadzora na hrvatskom moru.
No i višestoljetna hrvatska pomorska tradicija važan je i neizostavan dio ukupne hrvatske povijesti, pa je uz značenje rujna 1991. u stvaranju HRM-a, za Dan HRM-a određen 18. rujna, u spomen na pobjedu hrvatskih mornara na čelu s knezom Branimirom davne 887. godine nad mletačkim brodovljem u bitci kod Makarske. Dan HRM-a slavi se svake godine u drugom hrvatskom mjestu kako bi se odalo poštovanje svima onima koji su pridonijeli stvaranju HRM-a i obrani domovine.
Već do kraja rujna 1991. snage Zbora narodne garde (ZNG) i MUP-a su uz sudjelovanje pripadnika HRM-a osvojile skladište morskih mina i pješačkog naoružanja u Pločama, zarobile pet obalnih topničkih bitnica, raketnu bazu s protubrodskim raketama, 30 ratnih brodova u Raketnoj bazi Šibenik, raketnu topovnjaču u izgradnji u Kraljevici. Istodobno su u Zadru i Dubrovniku ustrojeni odredi naoružanih brodova.
Dok je u studenom 1991. JNA nadmoćnim naoružanjem gospodarila hrvatskim morem i pomorskom blokadom branila plovidbu svim brodovima pa čak i čamcima koji su prevozili bolesnike na dijalizu, diverzanti HRM-a su daljinski navođenim torpedom pogodili i teško oštetili patrolni čamac Mukos, koji danas pod imenom "Šolta" plovi u sastavu Obalne straže. Dan nakon, 15. studenog, JRM je zapucala po Splitu, Braču i Šolti ali je HRM uzvratila paljbom po neprijateljskim plovilima koji su bili prisiljeni na povlačenje. Bojevi u Splitskom i Korčulanskom kanalu koji je kasnije uslijedio prve su pobjede koje je HRM ostvarila nad znatno nadmoćnijim neprijateljskim pomorskim snagama kojima je deblokirala sve luke osim Dubrovnika. No, HRM je već do kraja 1991. uspjela razbiti neprijateljsku blokadu i protjerati ga iz hrvatskog dijela Jadrana.