Južni Sudan tako je postao 54. suverena država afričkog kontinenta. Od 1955., godinu dana prije oslobođenja Sudana od kolonijalizma, sve do 2005. godine, južnosudanski pobunjenici dvaput su ratovali protiv središnje vlasti u Kartumu tražeći veću autonomiju. Sukob je razorio regiju, milijuni ljudi poginuli su i stvoreno je stanje trajnog međusobnog nepovjerenja.
Mirovni sporazum potpisao je 2005. godine pobunjenički vođa John Garang, nekoliko mjeseci prije smrti u helikopterskoj nesreći te potpredsjednik Sudana Ali Osman Taha. Time je otvoreno novo poglavlje u povijesti zemlje i put za raspisivanje referenduma o neovisnosti koji je održan u siječnju. Južni Sudan gotovo je jednoglasno glasovao za otcjepljenje.
"Jasno nam je svima da nas čekaju veliki izazovi, no suočit ćemo se jedinstveni, u miru i neovisni te ćemo izgraditi stabilnu i prosperitetnu zemlju", obećao je uoči proglašenja južnosudanski ministar za informiranje Barbana Marial Benjamin.
Izazovi na koje je aludirao su oružani sukobi na granici u kojima je ove godine ubijeno 1.800 ljudi. Drugi izazov je naftni sektor.
Drugo bolno pitanje je sporazum o restrukturiranju naftnog sektora koji dvije zemlje trebaju potpisati. Južni Sudan bogat je naftom, Sjeverni i Južni Sudan dugo se spore oko podjele naftnog bogatstva. Analitičari drže da će Sjeverni Sudan izgubiti 37 posto svojih prihoda i da ga očekuje mračna budućnost jer se nije pripremio za gubitak deviznih prihoda koje je dobivao prodajom nafte s Juga.
Napetosti su povećane i oko pokrajine Abyei, granične između Sjevera i Juga. Njezina je budućnost nesigurna iako je 20. lipnja zaključen sporazum o demilitarizaciji Abyeija i raspoređivanju 4.200 etiopskih Plavih kaciga.