Marijana Macan, vještakinja za biološka vještačenja, govoreći o svojemu nalazu i mišljenju s kraja studenoga 2008. godine, rekla je kako je analizirala tragove na pušci koja joj je donesena te da je na njoj utvrdila nekoliko različitih DNK profila. Profil koji je, po njezinim riječima, bio najdominantniji podudarao se s DNK profilom Bojana Gudurića, koji je, kako je rekla, dobiven od policije.
U nastavku dokaznog postupka pred sudskim vijećem Posebnog odjela beogradskoga Višeg suda, nakon vještakinje Macan, ispitan je i vještak za tehnička vještačenja Stanislav Peruško, koji je utvrdio sadržaj mobilnih telefona dostavljenih od policije.
Peruško je rekao kako je sav sadržaj do kojeg je došao analizom mobilnih aparata, bilo da je riječ o porukama, zvučnim zapisima i videozapisima, fotografijama i drugim sadržajima, snimao na kompakt-diskove koje je slao nalogodavcu vještačenja, pri čemu je objasnio da on osobno te sadržaje nije analizirao ni prevodio, niti se uopće njima bavio.
Optužnicom posebnoga državnog odvjetništva u Beogradu Sreten Jocić, Željko Milovanović i Milenko Kuzmanović terete se za kaznena djela zločinačkog udruživanja i teškog ubojstva. Optuženi su da su za novčanu nagradu, ne manju od 1,5 milijuna eura, nakon duljeg praćenja Pukanića u listopadu 2008. pripremili eksplozivnu napravu kojom su usmrćeni Pukanić i Franjić.
Za ubojstvo Pukanića i Franjića na zagrebačkome Županijskom sudu 3. studenoga izrečene su presude šestorici optuženih, među kojima i Milovanoviću, kojemu se sudilo u odsutnosti.
Robert Matanić, koji je po optužnici okupio zločinačku skupinu, osuđen je na 33 godine zatvora. Zbog pomaganja u ubojstvu, njegov bratić Luka Matanić i zajednički prijatelj Amir Mafalani dobili su po 16 godina zatvora.
Neposredni počinitelj Željko Milovanović, optužen da je aktivirao eksplozivnu napravu koja je raznijela Pukanića, u odsutnosti je osuđen na 40 godina zatvora, a Bojan Gudurić dobio je 30-godišnju zatvorsku kaznu jer je iz zasjede trebao pucati u Pukanića ako eksploziv zataji.
Slobodan Đurović osuđen je na 15 godina zatvora zbog optužaba da je bio veza ubojica sa Sretenom Jocićem, zvanim Joca Amsterdam, koji je za Pukanićevo ubojstvo navodno platio 1,5 milijuna eura.