Presudom Vrhovnog suda Hrvatske iz 2009. godine Šimić je pravomoćno osuđen na pet godina zatvora jer je kao pročelnik odjela za kardijalnu kirurgiju Kliničkog centra u Rijeci od 2001. do 2006. godine u šesnaest navrata primio mito u iznosima od pet stotina do tri tisuće eura. Također mu je izrečena mjera zabrane obavljanja liječničke prakse u razdoblju od pet godina nakon izdržane kazne.
Prije izricanja pravomoćne presude u Hrvatskoj Šimić je pobjegao u BiH, čije ima državljanstvo, a od tada živi u Sarajevu.
Hrvatska je BiH, sukladno međudržavnom ugovoru, uputila zahtjev za priznavanje presude i upuivanje Šimića na izdržavanje kazne. Županijski sud u Sarajevu je u prosincu 2010. godine presudu hrvatskog vrhovnog suda djelomice prihvatio smanjivši zatvorsku kaznu na dvije i pol godine. I na takvu presudu Šimićeva je obrana uložila priziv Vrhovnom sudu Federacije BiH tražeći još kraću zatvorsku kaznu kao i preinaku mjere zabrane.
Šimić se u četvrtak u sudnici pojavio u pratnji dvojice odvjetnika, a jedan od njih, Nikica Gržić, zahtjev za dodatno smanjenje kazne obrazložio je konstatacijom kako Šimić u BiH nikada ne bi bio osuđen na toliku zatvorsku kaznu kao u Hrvatskoj. "Tijekom trideset godina odvjetničke prakse nisam čuo da je netko u BiH za kazneno djelo za koje je osuđen Šimić dobio više od godine dana zatvora", kazao je Gržić.
Istaknuo je kako će sudstvo u BiH dosljedno provoditi obveze koje proistječu iz međudržavnih sporazuma samo ako se bude striktno pridržavalo zakonodavstva koje vrijedi u BiH, što u slučaju koruptivnih djela znači blaže sankcioniranje korupcije nego u Hrvatskoj.
Drugi član Šimićeva odvjetničkog tima Vlado Adamović u dugom je govoru pred sucima svog branjenika opisao kao žrtvu suđenja koje se odvijalo pod znatnim javnim i političkim pritiskom i koje, po njegovim riječima, nije ni moglo završiti pravednom presudom. Adamović je kazao kako je u vrijeme kada je Šimić uhićen i kada mu se sudilo Hrvatskoj, radi pregovora s EU, pod svaku cijenu trebao dokaz da se kani energično obračunati s korupcijom. Upravo je Šimić, kazao je Adamović, bio žrtvom takvih potreba, da bi se potom dokazalo kako je on bio tek sitna riba u usporedbi s brojnim korupcijskim skandalima koji su naknadno objelodanjeni.
"Danas gdje god da podignete kamen u Hrvatskoj, naći ćete milijun Sanadera", kazao je odvjetnik Adamović kojega su suci opetovano opominjali da u svom izlaganju izlazi iz okvira rasprave o prvostupanjskoj presudi.
Adamović je tražio i da se Šimiću ukine zabrana obavljanja liječničke prakse te da se ona, eventualno, izrekne tek na obnašanje rukovodnih dužnosti u zdravstvu. "Šimić je ugledan stručnjak koji kao liječnik treba BiH, ako već ne treba Hrvatskoj", kazao je Adamović sugerirajući kako njegov branjenik kani trajno živjeti i raditi u BiH nakon izdržane kazne.
Sam Šimić je na upit sudaca kratko kazao tek kako u potpunosti podupire ono što su kazali njegovi odvjetnici.
Zastupnica federalnog tužiteljstva Hajrija Hadžiometović-Muftić predložila je pak sudu da sve zahtjeve obrane odbaci kao neutemeljene. Istaknula je kako su ispunjene sve pretpostavke za priznavanje presude izrečene u Hrvatskoj.
Tročlano vijeće Vrhovnog suda FBiH, kojim predsjedava sutkinja Nidžara Zlotrg, trebalo bi pravorijek u slučaju Ognjena Šimića donijeti u roku od petnaest dana.
Tijekom 2010. taj je sud već jednom ukinuo presudu Županijskog suda u Sarajevu kojom je Šimić također bio osuđen na dvije i pol godine zatvora. Tada je procijenjeno kako je u prvostupanjskom procesu došlo do bitnih povreda kaznenog postupka pa je predmet vraćen na ponovno odlučivanje, no Šimiću su ponovo presuđene dvije i pol godine zatvora.