"Momčilo Perišić pružao je pomoć svjestan da se znatni dio te pomoći koristi za činjenje zločina", navodi se u optužnici koja ga tereti da je pomažući snagama bosanskih i hrvatskih Srba u ljudstvu i opremi počinio zločine protiv čovječnosti i povrede ratnog prava i običaja.
Tužiteljstvo ga tereti da je pomagao i podržavao snage koje su izvršile masakr tisuća muslimanskih muškaraca u Srebrenici u srpnju 1995. godine, da je pomagao dvogodišnju kampanju topničkog i snajperskog terora stanovnika Sarajeva u kojoj su ubijene i ranjene tisuće civila, kao i raketiranje Zagreba višecjevnim raketnim bacačem Orkanom 2. i 3. svibnja 1995. u kojima je poginulo najmanje sedam, a ranjeno je najmanje 194 civila.
Perišić je osobno osnovao tzv. kadrovske centre preko kojih je upućivao oficire Vojske Jugoslavije u sastav snaga bosanskih i hrvatskih Srba. Radi se o "30. kadrovskom centru" za pripadnike VJ koji su služili u Vojsci Republike Srpske i "40. kadrovskom centru" za pripadnike VJ koji su služili u vojsci tzv. RSK.
Tužitelji su svoje teze dokazivali svjedocima i dokumentacijom, a pri kraju suđenja tražili su i da se kao dokazni materijal uvedu prošle godine otkriveni dnevnici Ratka Mladića koji potvrđuju veze Vojske Jugoslavije i vojske bosanskih i hrvatskih Srba, odnosno potvrđuju tvrdnje tužitelja da je Perišić tijesno surađivao i pružao pomoć u ljudstvu i oružju snagama bosanskih i hrvatskih Srba.
Na suđenju je vojni vještak tužiteljstva, potpukovnik bivše JNA Jozef Poje svjedočio da je u napadu na Zagreb korišten Orkan kako bi se teroriziralo i gađalo stanovništvo, njihova imovina i infrastruktura i da se radilo o neselektivnom oružju za koje se znalo da će proizvesti civilne žrtve.
Pukovnik Vojske Jugoslavije Rade Rašeta posvjedočio je da ga je Perišić uputio u vojsku tzv. RSK, a da je plaću i dalje primao preko Vojske Jugoslavije. On je svjedočio o pomoći u ljudstvu, opremi i oružju koju je VJ upućivala Kninu, kao i o tome da je svoja izvješća redovito upućivao Generalštabu VJ.
Perišić je u pritvor haaškoga suda stigao 7. ožujka 2005. godine, a do početka suđenja 2. listopada 2008. godine, vrijeme je proveo na privremenoj slobodi.