Optužnica tereti Šegu da je zlostavljao Hrvate zatočene u zatvorima u Bugojnu tijekom 1993. godine te da je osobno ubio najmanje jednog zatočenika.
U optužnici se navodi kako su Šego i drugi čuvari zatvora u kojima su držani zatočeni Hrvati fizički i psihički zlostavljali zatočenike odnosno nisu spriječili druge pripadnike Armije BiH da to čine.
Optužnica protiv Šege zapravo je druga koju je podignulo državno odvjetništvo BiH jer je sud BiH prvotnu optužnicu odbacio kao nepotpunu i vratio je na doradu.
Ovog je tjedna po sličnoj optužnici osuđen Alija Osmić, također bivši pripadnik Armije BiH, koji je sudjelovao u zločinima nad zatočenim Hrvatima u Bugojnu.
Nepravomoćnom presudom suda BiH Osmić je osuđen na jedanaest godina zatvora a zbog visine izrečene kazne odmah mu je određen i pritvor u kojemu će ostati sve do donošenja pravomoćne presude.
Pred sudom BiH zbog zločina u Bugojnu trenutačno se sudi još četvorici Bošnjaka koji su tijekom rata bili na visokim zapovjednim dužnostima u Armiji BiH odnosno policijskim snagama.