Alić, koji je tijekom rata obnašao dužnost pomoćnika zapovjednika 505. brigade Petog korpusa Armije BiH zaduženog za sigurnost, proglašen je krivim za sudjelovanje u zlostavljanju i ubojstvu ratnih vojnih zarobljenika.
U obrazloženju presude se navodi kako je četvoricu pripadnika vojnih postrojba pobunjenih Srba iz Hrvatske, zarobljenih u kolovozu 1995. godine tijekom operacije „Oluja“, ubila osoba čije je ime Al Harbi Tewfik i koji je bio „neregularni vojnik“, a Alić iako odgovoran za sigurnost zarobljenika nije ništa učinio da ih zaštiti i spriječi njihovu likvidaciju.
U prvostupanjskom postupku vođenim pred Sudom BiH Šefik Alić je bio oslobođen odgovornosti po ovoj optužnici no ta je presuda na zahtjev tužiteljstva BiH ukinuta, a u ponovljenom suđenju Alić je proglašen krivim.