U optužnici se navodi da su optuženi Župljaninu novčano pomagali, dostavljali mu odjeću i druge potrepštine, pomagali mu u pribavljanju lažnih dokumenata o identitetu, održavali s njim vezu, obavještavali ga o potrazi za njim, organizirali tajne sastanke i omogućavali mu komunikaciju.
Pošto je u siječnju 2008. pobjegao policiji u Nišu, Župljanin je pronašao utočište u Vojvodini. Ondje se skrivao u svojemu stanu do uhićenja u lipnju 2008. godine.
Stojan Župljanin i Mićo Stanišić optuženi su po osobnoj i zapovjednoj odgovornosti za progone, ubojstva, mučenje i deportacije bosanskih muslimana i Hrvata u mnogim dijelovima BiH od travnja do prosinca 1992., kad su srpske snage provele glavninu etničkog čišćenja s područja današnje Republike Srpske.
Stanišić je bio ministar unutarnjih poslova RS-a zadužen za javnu i državnu sigurnost, a Župljanin mu je bio izravno podređen.