U naponu igračke karijere suočio se teškom bolešću i morao je na transplantaciju bubrega. Početkom 2007. dva puta mu je transplantiran bubreg. Prvi, koji je donirala njegova majka Šima, tijelo je odbacilo. Drugi, koji je donirao otac Ivan, uspješno je transplantiran.
Nakon transplantacije bubrega vratio se nogometu i na EP 2008. umalo je Hrvastku odveo u polufinale. Njegovim golom minutu prije kraja produžetaka Hrvatska je u četvrtfinalu povela protiv Turske 1-0, ali to nažalost nije bilo dovoljno. Turci su u zadnjim sekundama uspjeli izjednačiti, a potom su nakon izvođenja 11-eraca izbacili Hrvatsku.
Klasnić je sa dva pogotka bio najbolji strijelac naše reprezentacije na Euru 2008. Osim Turskoj, zabio je i za pobjedu 1-0 protiv Poljske u natjecanju po skupinama.
Klasnić i njegova supruga Patrizia su 2007. godine dobili kćer Fabienne Coleen. Osim nogometu i obitelji, Ivan Klasnić se posvetio i humanitarnom radu, aktivno se uključio u rad humanitarne akcije "Doniranje organa - životni hat-trick".
Prošle godine u intervjuu za hrvatski magazin "Story" izjavio kako mu je najveća motivacija za uspješan oporavak bila njegova obitelj i želja da ljudima pokaže kako je sve moguće kad imaš volje. U trenucima kad mu je bilo najteže pokazao je da je čovjek visokog morala, odbivši punude onih koji su mu nudili da ode u Indiju i kupi bubreg. "To je grozno, jer ondje uzimaju bubrege od male djece i donose ih u Njemačku na prodaju", kazao je tada Klasnić.
Klasnić je zbog izgubljenog bubrega tužio službenog liječnika Werdera dr. Goetza Dimanskog i njegovu kolegicu dr. Manju Guhu. Od svog bivšeg kluba traži 1.1 milijuna eura odštete za izgubljenu zaradu, te odštetu od 100.000 eura za nanesenu bol.
Klasnić je u kolovozu ove godine napokon dočekao pomak u svoju korist na suđenju u Bremenu. Sud je utvrdio kako liječnici Werdera nisu na vrijeme prepoznali ozbiljnost bolesti i kako su pogrešno liječili hrvatskog napadača zbog čega moraju snositi određenu odgovornost. Međutim, sud nije donio nikakvu konačnu odluku dok ne ispita još nekoliko stručnjaka kako bi utvrdili radi li se o ozbiljnom liječničkom propustu s teškim posljedicama za igrača.