Mengistu, koji sada živi u Zimbabveu, optužen je zajedno s visokim dužnosnicima iz njegove marksističke vojne vlade za ubojstvo više tisuća ljudi tijekom sedamnaestogodišnje vladavine koja je počela svrgavanjem cara Hailea Selassija 1974., a nastavila se ratom, čistkama i glađu.
Za krivnju za počinjeni genocid glasovala su dvojica od triju sudaca.
Mengistu je pobjegao u Zimbabve 1991. pošto su ga s vlasti zbacili gerilci koje je predvodio sadašnji premijer Meles Zenawi.
Suđeno mu je u odsutnosti u Adis Abebi zajedno sa 73 optuženika među kojima je bio i bivši premijer Fikre Selassie Wogderesse i bivši dopredsjednik vlade Fissiha Desta. Svi su proglašeni krivima osim jednog narednika. Polovica optuženih bili su u sudnici, neki su u međuvremenu umrli, a 25 ih se nalazi u bijegu izvan zemlje.
Prema sudskoj presudi, Mengistuova strahovlada izravno je kriva za ubojstva više od 2.000 ljudi, uključujući 60 visokih dužnosnika bivšeg režima, ministara, članova carske obitelji. Oko 2.400 ljudi bilo je podvrgnuto mučenju, navodi se u sudskoj presudi.
Međutim, mnogi tvrde da je to samo vrh sante leda jer je najmanje milijun ljudi umrlo od gladi tijekom Mengistuova režima, a diktator je osobno 1984. godine sprečavao dopremu vitalne humanitarne pomoći iz inozemstva.
Njegova vjerojatno najpoznatija žrtva je bivši car Haile Selassie koji je navodno zadavljen u krevetu i poslije tajno pokopan ispod zahoda u carskoj palači.